基于结构的药物设计涉及发现具有对蛋白质袋的结构和化学互补性的配体分子。深度生成方法表明了在提出从划痕(De-Novo设计)的新型分子中的承诺,避免了化学空间的详尽虚拟筛选。大多数生成的de-novo模型未能包含详细的配体 - 蛋白质相互作用和3D袋结构。我们提出了一种新的监督模型,在离散的分子空间中与3D姿势共同产生分子图。分子在口袋内部构建原子原子,由来自晶体数据的结构信息引导。我们使用对接基准进行评估我们的模型,并发现引导生成将预测的结合亲和力提高了8%,并在基线上通过10%的药物相似分数提高了预测的结合亲和力。此外,我们的模型提出了具有超过一些已知配体的结合分数的分子,这可能在未来的湿式实验室研究中有用。
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