The primary goal of this work is to study the effectiveness of an unsupervised domain adaptation approach for various applications such as binary classification and anomaly detection in the context of Alzheimer's disease (AD) detection for the OASIS datasets. We also explore image reconstruction and image synthesis for analyzing and generating 3D structural MRI data to establish performance benchmarks for anomaly detection. We successfully demonstrate that domain adaptation improves the performance of AD detection when implemented in both supervised and unsupervised settings. Additionally, the proposed methodology achieves state-of-the-art performance for binary classification on the OASIS-1 dataset.
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生成的对抗网络(GAN)是在众多领域成功使用的一种强大的深度学习模型。它们属于一个称为生成方法的更广泛的家族,该家族通过从真实示例中学习样本分布来生成新数据。在临床背景下,与传统的生成方法相比,GAN在捕获空间复杂,非线性和潜在微妙的疾病作用方面表现出增强的能力。这篇综述评估了有关gan在各种神经系统疾病的成像研究中的应用的现有文献,包括阿尔茨海默氏病,脑肿瘤,脑老化和多发性硬化症。我们为每个应用程序提供了各种GAN方法的直观解释,并进一步讨论了在神经影像学中利用gans的主要挑战,开放问题以及有希望的未来方向。我们旨在通过强调如何利用gan来支持临床决策,并有助于更好地理解脑部疾病的结构和功能模式,从而弥合先进的深度学习方法和神经病学研究之间的差距。
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人脑解剖图像的专家解释是神经放射学的中心部分。已经提出了几种基于机器学习的技术来协助分析过程。但是,通常需要对ML模型进行培训以执行特定的任务,例如脑肿瘤分割或分类。相应的培训数据不仅需要费力的手动注释,而且人脑MRI中可以存在多种异常 - 甚至同时发生,这使得所有可能的异常情况都非常具有挑战性。因此,可能的解决方案是一种无监督的异常检测(UAD)系统,可以从健康受试者的未标记数据集中学习数据分布,然后应用以检测​​分布样本。然后,这种技术可用于检测异常 - 病变或异常,例如脑肿瘤,而无需明确训练该特定病理的模型。过去已经为此任务提出了几种基于变异的自动编码器(VAE)技术。即使它们在人为模拟的异常情况下表现良好,但其中许多在检测临床数据中的异常情况下表现较差。这项研究提出了“上下文编码” VAE(CEVAE)模型的紧凑版本,并结合了预处理和后处理步骤,创建了UAD管道(Strega)(Strega),该步骤对临床数据更强大,并显示其在检测到其检测方面的适用性脑MRI中的肿瘤等异常。 The proposed pipeline achieved a Dice score of 0.642$\pm$0.101 while detecting tumours in T2w images of the BraTS dataset and 0.859$\pm$0.112 while detecting artificially induced anomalies, while the best performing baseline achieved 0.522$\pm$0.135 and 0.783$\ PM分别为0.111美元。
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Over the years, Machine Learning models have been successfully employed on neuroimaging data for accurately predicting brain age. Deviations from the healthy brain aging pattern are associated to the accelerated brain aging and brain abnormalities. Hence, efficient and accurate diagnosis techniques are required for eliciting accurate brain age estimations. Several contributions have been reported in the past for this purpose, resorting to different data-driven modeling methods. Recently, deep neural networks (also referred to as deep learning) have become prevalent in manifold neuroimaging studies, including brain age estimation. In this review, we offer a comprehensive analysis of the literature related to the adoption of deep learning for brain age estimation with neuroimaging data. We detail and analyze different deep learning architectures used for this application, pausing at research works published to date quantitatively exploring their application. We also examine different brain age estimation frameworks, comparatively exposing their advantages and weaknesses. Finally, the review concludes with an outlook towards future directions that should be followed by prospective studies. The ultimate goal of this paper is to establish a common and informed reference for newcomers and experienced researchers willing to approach brain age estimation by using deep learning models
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阿尔茨海默氏病是一种进行性神经退行性疾病,逐渐剥夺患者的认知功能,并可能以死亡结束。随着当今技术的发展,可以通过磁共振成像(MRI)扫描来检测阿尔茨海默氏病。因此,MRI是最常用于诊断和分析阿尔茨海默氏病进展的技术。有了这项技术,可以使用机器学习自动实现对阿尔茨海默氏病的早期诊断的图像识别。尽管机器学习具有许多优势,但目前使用深度学习的应用更广泛地应用,因为它具有更强的学习能力,并且更适合解决图像识别问题。但是,仍然存在一些挑战以实施深度学习,例如对大型数据集的需求,需要大量的计算资源以及需要仔细的参数设置以防止过度拟合或不足。在应对使用深度学习对阿尔茨海默氏病进行分类的挑战时,本研究提出了使用残留网络18层(RESNET-18)体系结构的卷积神经网络(CNN)方法。为了克服对大型且平衡的数据集的需求,使用来自ImageNet的传输学习并加权损耗函数值,以使每个类具有相同的权重。而且,在这项研究中,通过将网络激活函数更改为MISH激活函数以提高准确性,从而进行了实验。从已经进行的测试结果中,使用转移学习,加权损失和MISH激活函数的模型准确性为88.3%。该准确性值来自基线模型,仅获得69.1%的精度。
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主观认知下降(SCD)是阿尔茨海默氏病(AD)的临床前阶段,甚至在轻度认知障碍(MCI)之前就发生。渐进式SCD将转换为MCI,并有可能进一步发展为AD。因此,通过神经成像技术(例如,结构MRI)对进行性SCD的早期鉴定对于AD的早期干预具有巨大的临床价值。但是,现有的基于MRI的机器/深度学习方法通​​常会遇到小样本大小的问题,这对相关的神经影像学分析构成了巨大挑战。我们旨在解决本文的主要问题是如何利用相关领域(例如AD/NC)协助SCD的进展预测。同时,我们担心哪些大脑区域与进行性SCD的识别更加紧密相关。为此,我们提出了一个注意引导自动编码器模型,以进行有效的跨域适应,以促进知识转移从AD到SCD。所提出的模型由四个关键组成部分组成:1)用于学习不同域的共享子空间表示的功能编码模块,2)用于自动定义大脑中定义的兴趣障碍区域的注意模块,3)用于重构的解码模块原始输入,4)用于鉴定脑疾病的分类模块。通过对这四个模块的联合培训,可以学习域不变功能。同时,注意机制可以强调与脑部疾病相关的区域。公开可用的ADNI数据集和私人CLAS数据集的广泛实验证明了该方法的有效性。提出的模型直接可以在CPU上仅5-10秒进行训练和测试,并且适用于具有小数据集的医疗任务。
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域移位,训练与测试数据特征之间的不匹配,导致多源成像方案中的预测性能显着降低。在医学成像中,不同网站的人口,扫描仪和采集协议的异质性提出了一个重要的领域移位挑战,并限制了机器学习模型的广泛临床采用。统一方法旨在学习数据不变的表示这些差异是解决域移位的普遍工具,但它们通常会导致预测精度的劣化。本文对问题进行了不同的视角:我们拥抱这种不和谐的数据并设计一个简单但有效的解决域名框架。根据我们的理论参数,关键的想法是在源数据上构建备用分类器并将此模型调整为新数据。可以为站点内域适应微调分类器。我们还可以在目标数据上处理我们无法访问地面真理标签的情况;我们展示如何使用辅助任务来适应;这些任务雇用协变量,如年龄,性别和种族,这很容易获得,但仍然与主要任务相关联。我们在大规模现实世界3D脑MRI数据集上展示了站点内部域适应和站点间域推广的大量改进,用于分类阿尔茨海默病和精神分裂症。
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无监督的异常检测已成为一种流行的方法,可以检测医学图像中的病理,因为它不需要监督或标签进行训练。最常见的是,异常检测模型会生成输入映像的“正常”版本,而Pixel $ l^p $ - 两者的差异用于本地化异常。但是,大多数医学图像中存在的复杂解剖结构的不完善重建通常是由于不完善的重建而发生的。该方法还无法检测到没有与周围组织的强度差异很大的异常。我们建议使用特征映射功能解决此问题,该功能将输入强度图像转换为具有多个通道的空间,在该空间中可以沿着从原始图像提取的不同判别特征地图检测到异常。然后,我们使用结构相似性损失在该空间中训练自动编码器模型,该模型不仅考虑强度差异,而且考虑对比度和结构。我们的方法大大提高了大脑MRI的两个医学数据集的性能。代码和实验可从https://github.com/felime/feature-autoencoder获得
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大型医学成像数据集变得越来越多。这些数据集中的一个普遍挑战是确保每个样本满足没有重要人工制品的最低质量要求。尽管已经开发出广泛的现有自动方法来识别医学成像中的缺陷和人工制品,但它们主要依赖于渴望数据的方法。特别是,缺乏可用于培训的手工艺品的足够扫描,在临床研究中设计和部署机器学习方面造成了障碍。为了解决这个问题,我们提出了一个具有四个主要组成部分的新颖框架:(1)一组受磁共振物理启发的手工艺发电机,以损坏大脑MRI扫描和增强培训数据集,(2)一组抽象和工程的功能,紧凑地表示图像,(3)一个特征选择过程,取决于人工制品的类别以提高分类性能,以及(4)一组受过训练以识别人工制品的支持向量机(SVM)分类器。我们的新颖贡献是三重的:首先,我们使用新型的基于物理的人工制品发生器来生成以受控的人工制品作为数据增强技术的合成脑MRI扫描。这将避免使用稀有人工制品的劳动密集型收集和标记过程。其次,我们提出了开发的大量抽象和工程图像特征,以识别9种不同的结构MRI伪像。最后,我们使用一个基于人工制品的功能选择块,该块,对于每类的人工制品,可以找到提供最佳分类性能的功能集。我们对具有人工生成的人工制品的大量数据扫描进行了验证实验,并且在一项多发性硬化症临床试验中,专家确定了真实的人工制品,这表明拟议管道表现优于传统方法。
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早期发现阿尔茨海默氏病对于部署干预措施和减慢疾病进展至关重要。在过去的十年中,已经探索了许多机器学习和深度学习算法,目的是为阿尔茨海默氏症建立自动检测。数据增强技术和先进的深度学习体系结构的进步已经在该领域开辟了新的边界,研究正在快速发展。因此,这项调查的目的是概述有关阿尔茨海默氏病诊断深度学习模型的最新研究。除了对众多数据源,神经网络架构以及常用的评估措施进行分类外,我们还对实施和可重复性进行了分类。我们的目标是协助感兴趣的研究人员跟上最新的发展,并将早期的调查作为基准。此外,我们还指出了该主题的未来研究方向。
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2019年12月,一个名为Covid-19的新型病毒导致了迄今为止的巨大因果关系。与新的冠状病毒的战斗在西班牙语流感后令人振奋和恐怖。虽然前线医生和医学研究人员在控制高度典型病毒的传播方面取得了重大进展,但技术也证明了在战斗中的重要性。此外,许多医疗应用中已采用人工智能,以诊断许多疾病,甚至陷入困境的经验丰富的医生。因此,本调查纸探讨了提议的方法,可以提前援助医生和研究人员,廉价的疾病诊断方法。大多数发展中国家难以使用传统方式进行测试,但机器和深度学习可以采用显着的方式。另一方面,对不同类型的医学图像的访问已经激励了研究人员。结果,提出了一种庞大的技术数量。本文首先详细调了人工智能域中传统方法的背景知识。在此之后,我们会收集常用的数据集及其用例日期。此外,我们还显示了采用深入学习的机器学习的研究人员的百分比。因此,我们对这种情况进行了彻底的分析。最后,在研究挑战中,我们详细阐述了Covid-19研究中面临的问题,我们解决了我们的理解,以建立一个明亮健康的环境。
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在医学成像中,获得大量标记数据通常是一个障碍,因为注释和病理很少。异常检测是一种能够检测到看不见的异常数据的方法,而仅对正常(未经注释)数据进行培训。存在基于生成对抗网络(GAN)的几种算法来执行此任务,但是由于gan的不稳定,存在某些局限性。本文提出了一种新方法,通过将现有方法Ganomaly与逐渐增长的甘纳斯相结合。考虑到其产生高分辨率图像的能力,后者更稳定。该方法是使用时尚MNIST,医学分布分析挑战(情绪)和内部脑部MRI测试的;使用尺寸16x16和32x32的斑块。渐进式甘诺利(Ganomaly)的表现优于一级SVM或时尚MNIST的常规甘诺利。人工异常是在具有不同强度和直径的情绪图像中创建的。渐进式甘加诺利检测到强度和大小不同的最大异常。此外,从渐进的甘诺利中证明,间歇性重建也更好。在内部脑部MRI数据集上,常规甘诺利优于其他方法。
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机器学习在医学图像分析中发挥着越来越重要的作用,产卵在神经影像症的临床应用中的新进展。之前有一些关于机器学习和癫痫的综述,它们主要专注于电生理信号,如脑电图(EEG)和立体脑电图(SEENG),同时忽略癫痫研究中神经影像的潜力。 NeuroImaging在确认癫痫区域的范围内具有重要的优点,这对于手术后的前诊所评估和评估至关重要。然而,脑电图难以定位大脑中的准确癫痫病变区。在这篇综述中,我们强调了癫痫诊断和预后在癫痫诊断和预后的背景下神经影像学和机器学习的相互作用。我们首先概述癫痫诊所,MRI,DWI,FMRI和PET中使用的癫痫和典型的神经影像姿态。然后,我们在将机器学习方法应用于神经影像数据的方法:i)将手动特征工程和分类器的传统机器学习方法阐述了两种方法,即卷积神经网络和自动化器等深度学习方法。随后,详细地研究了对癫痫,定位和横向化任务等分割,本地化和横向化任务的应用,以及与诊断和预后直接相关的任务。最后,我们讨论了目前的成就,挑战和潜在的未来方向,希望为癫痫的计算机辅助诊断和预后铺平道路。
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由于肿胀和病态增大,人体组织中组织的异常发育被称为肿瘤。它们主要被归类为良性和恶性。大脑中的肿瘤可能是致命的,因为它可能是癌性的,因此可以以附近的健康细胞为食并不断增加大小。这可能会影响大脑中软组织,神经细胞和小血管。因此,有必要以最高的精度在早期阶段检测和分类。脑肿瘤的大小和位置不同,这使得很难理解其性质。由于附近的健康细胞与肿瘤之间的相似性,即使使用先进的MRI(磁共振成像)技术,脑肿瘤的检测和分类过程也可能是一项繁重的任务。在本文中,我们使用Keras和Tensorflow来实施最先进的卷积神经网络(CNN)架构,例如EdgitionNetB0,Resnet50,Xpection,MobilenetV2和VGG16,使用转移学习来检测和分类三种类型的大脑肿瘤,即神经胶质瘤,脑膜瘤和垂体。我们使用的数据集由3264个2-D磁共振图像和4个类组成。由于数据集的尺寸较小,因此使用各种数据增强技术来增加数据集的大小。我们提出的方法不仅包括数据增强,而且还包括各种图像降级技术,头骨剥离,裁剪和偏置校正。在我们提出的工作效率NETB0体系结构中,最佳准确性为97.61%。本文的目的是区分正常和异常像素,并以更好的准确性对它们进行分类。
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大量标记的医学图像对于准确检测异常是必不可少的,但是手动注释是劳动密集型且耗时的。自我监督学习(SSL)是一种培训方法,可以在没有手动注释的情况下学习特定于数据的功能。在医学图像异常检测中已采用了几种基于SSL的模型。这些SSL方法有效地学习了几个特定特定图像的表示形式,例如自然和工业产品图像。但是,由于需要医学专业知识,典型的基于SSL的模型在医疗图像异常检测中效率低下。我们提出了一个基于SSL的模型,该模型可实现基于解剖结构的无监督异常检测(UAD)。该模型采用解剖学意识粘贴(Anatpaste)增强工具。 Anatpaste采用基于阈值的肺部分割借口任务来在正常的胸部X光片上创建异常,用于模型预处理。这些异常类似于实际异常,并帮助模型识别它们。我们在三个OpenSource胸部X光片数据集上评估了我们的模型。我们的模型在曲线(AUC)下展示了92.1%,78.7%和81.9%的模型,在现有UAD模型中最高。这是第一个使用解剖信息作为借口任务的SSL模型。 Anatpaste可以应用于各种深度学习模型和下游任务。它可以通过修复适当的细分来用于其他方式。我们的代码可在以下网址公开获取:https://github.com/jun-sato/anatpaste。
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Anomaly Detection is a relevant problem that arises in numerous real-world applications, especially when dealing with images. However, there has been little research for this task in the Continual Learning setting. In this work, we introduce a novel approach called SCALE (SCALing is Enough) to perform Compressed Replay in a framework for Anomaly Detection in Continual Learning setting. The proposed technique scales and compresses the original images using a Super Resolution model which, to the best of our knowledge, is studied for the first time in the Continual Learning setting. SCALE can achieve a high level of compression while maintaining a high level of image reconstruction quality. In conjunction with other Anomaly Detection approaches, it can achieve optimal results. To validate the proposed approach, we use a real-world dataset of images with pixel-based anomalies, with the scope to provide a reliable benchmark for Anomaly Detection in the context of Continual Learning, serving as a foundation for further advancements in the field.
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多发性硬化症(MS)是中枢神经系统的慢性炎症和退行性疾病,其特征在于,白色和灰质的外观与个体患者的神经症状和标志进行地平整相关。磁共振成像(MRI)提供了详细的体内结构信息,允许定量和分类MS病变,其批判性地通知疾病管理。传统上,MS病变在2D MRI切片上手动注释,一个流程效率低,易于观察室内误差。最近,已经提出了自动统计成像分析技术以基于MRI体素强度检测和分段段病变。然而,它们的有效性受到MRI数据采集技术的异质性和MS病变的外观的限制。通过直接从图像学习复杂的病变表现,深度学习技术已经在MS病变分割任务中取得了显着的突破。在这里,我们提供了全面审查最先进的自动统计和深度学习MS分段方法,并讨论当前和未来的临床应用。此外,我们审查了域适应等技术策略,以增强现实世界临床环境中的MS病变分段。
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深度学习属于人工智能领域,机器执行通常需要某种人类智能的任务。类似于大脑的基本结构,深度学习算法包括一种人工神经网络,其类似于生物脑结构。利用他们的感官模仿人类的学习过程,深入学习网络被送入(感官)数据,如文本,图像,视频或声音。这些网络在不同的任务中优于最先进的方法,因此,整个领域在过去几年中看到了指数增长。这种增长在过去几年中每年超过10,000多种出版物。例如,只有在医疗领域中的所有出版物中覆盖的搜索引擎只能在Q3 2020中覆盖所有出版物的子集,用于搜索术语“深度学习”,其中大约90%来自过去三年。因此,对深度学习领域的完全概述已经不可能在不久的将来获得,并且在不久的将来可能会难以获得难以获得子场的概要。但是,有几个关于深度学习的综述文章,这些文章专注于特定的科学领域或应用程序,例如计算机愿景的深度学习进步或在物体检测等特定任务中进行。随着这些调查作为基础,这一贡献的目的是提供对不同科学学科的深度学习的第一个高级,分类的元调查。根据底层数据来源(图像,语言,医疗,混合)选择了类别(计算机愿景,语言处理,医疗信息和其他工程)。此外,我们还审查了每个子类别的常见架构,方法,专业,利弊,评估,挑战和未来方向。
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Pneumonia, a respiratory infection brought on by bacteria or viruses, affects a large number of people, especially in developing and impoverished countries where high levels of pollution, unclean living conditions, and overcrowding are frequently observed, along with insufficient medical infrastructure. Pleural effusion, a condition in which fluids fill the lung and complicate breathing, is brought on by pneumonia. Early detection of pneumonia is essential for ensuring curative care and boosting survival rates. The approach most usually used to diagnose pneumonia is chest X-ray imaging. The purpose of this work is to develop a method for the automatic diagnosis of bacterial and viral pneumonia in digital x-ray pictures. This article first presents the authors' technique, and then gives a comprehensive report on recent developments in the field of reliable diagnosis of pneumonia. In this study, here tuned a state-of-the-art deep convolutional neural network to classify plant diseases based on images and tested its performance. Deep learning architecture is compared empirically. VGG19, ResNet with 152v2, Resnext101, Seresnet152, Mobilenettv2, and DenseNet with 201 layers are among the architectures tested. Experiment data consists of two groups, sick and healthy X-ray pictures. To take appropriate action against plant diseases as soon as possible, rapid disease identification models are preferred. DenseNet201 has shown no overfitting or performance degradation in our experiments, and its accuracy tends to increase as the number of epochs increases. Further, DenseNet201 achieves state-of-the-art performance with a significantly a smaller number of parameters and within a reasonable computing time. This architecture outperforms the competition in terms of testing accuracy, scoring 95%. Each architecture was trained using Keras, using Theano as the backend.
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异常检测是确定不符合正常数据分布的样品。由于异常数据的无法获得,培训监督的深神经网络是一项繁琐的任务。因此,无监督的方法是解决此任务的常见方法。深度自动编码器已被广泛用作许多无监督的异常检测方法的基础。但是,深层自动编码器的一个显着缺点是,它们通过概括重建异常值来提供不足的表示异常检测的表示。在这项工作中,我们设计了一个对抗性框架,该框架由两个竞争组件组成,一个对抗性变形者和一个自动编码器。对抗性变形器是一种卷积编码器,学会产生有效的扰动,而自动编码器是一个深层卷积神经网络,旨在重建来自扰动潜在特征空间的图像。这些网络经过相反的目标训练,在这种目标中,对抗性变形者会产生用于编码器潜在特征空间的扰动,以最大化重建误差,并且自动编码器试图中和这些扰动的效果以最大程度地减少它。当应用于异常检测时,该提出的方法会由于对特征空间的扰动应用而学习语义上的富裕表示。所提出的方法在图像和视频数据集上的异常检测中优于现有的最新方法。
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