对应用深神网络自动解释和分析12铅心电图(ECG)的兴趣增加了。机器学习方法的当前范例通常受到标记数据量的限制。对于临床上的数据,这种现象尤其有问题,在该数据中,根据所需的专业知识和人类努力,规模标签可能是耗时且昂贵的。此外,深度学习分类器可能容易受到对抗性例子和扰动的影响,例如在医疗,临床试验或保险索赔的背景下应用时,可能会带来灾难性的后果。在本文中,我们提出了一种受生理启发的数据增强方法,以提高性能并根据ECG信号提高心脏病检测的鲁棒性。我们通过将数据分布驱动到瓦斯坦斯坦空间中的大地测量中的其他类别来获得增强样品。为了更好地利用领域特定的知识,我们设计了一个基础指标,该指标识别基于生理确定的特征的ECG信号之间的差异。从12铅ECG信号中学习,我们的模型能够区分五种心脏条件。我们的结果表明,准确性和鲁棒性的提高,反映了我们数据增强方法的有效性。
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以时间序列形式出现的信号测量是医疗机学习应用中使用的最常见数据类型之一。这样的数据集的大小通常很小,收集和注释昂贵,并且可能涉及隐私问题,这阻碍了我们培训用于生物医学应用的大型,最先进的深度学习模型的能力。对于时间序列数据,我们可以用来扩展数据集大小的数据增强策略套件受到维护信号的基本属性的限制。生成对抗网络(GAN)可以用作另一种数据增强工具。在本文中,我们提出了TTS-CGAN,这是一种基于变压器的条件GAN模型,可以在现有的多级数据集上进行训练,并生成特定于类的合成时间序列序列的任意长度。我们详细介绍了模型架构和设计策略。由我们的模型生成的合成序列与真实的序列无法区分,可以用来补充或替换相同类型的真实信号,从而实现了数据增强的目标。为了评估生成的数据的质量,我们修改小波相干度量指标,以比较两组信号之间的相似性,还可以进行案例研究,其中使用合成和真实数据的混合来训练深度学习模型用于序列分类。与其他可视化技术和定性评估方法一起,我们证明TTS-CGAN生成的合成数据类似于真实数据,并且我们的模型的性能优于为时间序列数据生成而构建的其他最先进的GAN模型。
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Electrocardiography (ECG), an electrical measurement which captures cardiac activities, is the gold standard for diagnosing cardiovascular disease (CVD). However, ECG is infeasible for continuous cardiac monitoring due to its requirement for user participation. By contrast, photoplethysmography (PPG) provides easy-to-collect data, but its limited accuracy constrains its clinical usage. To combine the advantages of both signals, recent studies incorporate various deep learning techniques for the reconstruction of PPG signals to ECG; however, the lack of contextual information as well as the limited abilities to denoise biomedical signals ultimately constrain model performance. In this research, we propose Performer, a novel Transformer-based architecture that reconstructs ECG from PPG and combines the PPG and reconstructed ECG as multiple modalities for CVD detection. This method is the first time that Transformer sequence-to-sequence translation has been performed on biomedical waveform reconstruction, combining the advantages of both PPG and ECG. We also create Shifted Patch-based Attention (SPA), an effective method to encode/decode the biomedical waveforms. Through fetching the various sequence lengths and capturing cross-patch connections, SPA maximizes the signal processing for both local features and global contextual representations. The proposed architecture generates a state-of-the-art performance of 0.29 RMSE for the reconstruction of PPG to ECG on the BIDMC database, surpassing prior studies. We also evaluated this model on the MIMIC-III dataset, achieving a 95.9% accuracy in CVD detection, and on the PPG-BP dataset, achieving 75.9% accuracy in related CVD diabetes detection, indicating its generalizability. As a proof of concept, an earring wearable named PEARL (prototype), was designed to scale up the point-of-care (POC) healthcare system.
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脑电图(EEG)解码旨在识别基于非侵入性测量的脑活动的神经处理的感知,语义和认知含量。当应用于在静态,受控的实验室环境中获取的数据时,传统的EEG解码方法取得了适度的成功。然而,开放世界的环境是一个更现实的环境,在影响EEG录音的情况下,可以意外地出现,显着削弱了现有方法的鲁棒性。近年来,由于其在特征提取的卓越容量,深入学习(DL)被出现为潜在的解决方案。它克服了使用浅架构提取的“手工制作”功能或功能的限制,但通常需要大量的昂贵,专业标记的数据 - 并不总是可获得的。结合具有域特定知识的DL可能允许开发即使具有小样本数据,也可以开发用于解码大脑活动的鲁棒方法。虽然已经提出了各种DL方法来解决EEG解码中的一些挑战,但目前缺乏系统的教程概述,特别是对于开放世界应用程序。因此,本文为开放世界EEG解码提供了对DL方法的全面调查,并确定了有前途的研究方向,以激发现实世界应用中的脑电图解码的未来研究。
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Electronic Health Records (EHRs) are a valuable asset to facilitate clinical research and point of care applications; however, many challenges such as data privacy concerns impede its optimal utilization. Deep generative models, particularly, Generative Adversarial Networks (GANs) show great promise in generating synthetic EHR data by learning underlying data distributions while achieving excellent performance and addressing these challenges. This work aims to review the major developments in various applications of GANs for EHRs and provides an overview of the proposed methodologies. For this purpose, we combine perspectives from healthcare applications and machine learning techniques in terms of source datasets and the fidelity and privacy evaluation of the generated synthetic datasets. We also compile a list of the metrics and datasets used by the reviewed works, which can be utilized as benchmarks for future research in the field. We conclude by discussing challenges in GANs for EHRs development and proposing recommended practices. We hope that this work motivates novel research development directions in the intersection of healthcare and machine learning.
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心电图(ECG)是心脏病的广泛使用的非侵入性诊断工具。许多研究设计了ECG分析模型(例如分类器)来协助诊断。作为一项上游任务,研究建立了生成模型来综合ECG数据,这对提供培训样本,隐私保护和减少注释是有益的。但是,以前的ECG生成方法通常既不合成多视图数据,也不涉及心脏病状况。在本文中,我们提出了一种新型的,用于多视图ECG合成的新型疾病的生成对抗网络,称为ME-GAN,该网络获得了以心脏病为条件的全磁心电图表示,并将其投射到多个标准视图上,以产生ECG信号。由于心脏病的心电图表现通常位于特定波形中,因此我们提出了一种新的“混合标准化”,以精确地注入合适的位置。此外,我们提出了一个视图歧视者,将无序的心电图视图恢复为预定的顺序,监督发电机以获取代表正确视图特征的ECG。此外,提出了一个新的度量RFID,以评估合成的ECG信号的质量。全面的实验验证了我们的ME-GAN在具有可信赖的病态表现的多视图ECG信号合成上表现良好。
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As the COVID-19 pandemic puts pressure on healthcare systems worldwide, the computed tomography image based AI diagnostic system has become a sustainable solution for early diagnosis. However, the model-wise vulnerability under adversarial perturbation hinders its deployment in practical situation. The existing adversarial training strategies are difficult to generalized into medical imaging field challenged by complex medical texture features. To overcome this challenge, we propose a Contour Attention Preserving (CAP) method based on lung cavity edge extraction. The contour prior features are injected to attention layer via a parameter regularization and we optimize the robust empirical risk with hybrid distance metric. We then introduce a new cross-nation CT scan dataset to evaluate the generalization capability of the adversarial robustness under distribution shift. Experimental results indicate that the proposed method achieves state-of-the-art performance in multiple adversarial defense and generalization tasks. The code and dataset are available at https://github.com/Quinn777/CAP.
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从心电图中自动化心律失常的自动化检测需要一个可靠且值得信赖的系统,该系统在电动扰动下保持高精度。许多机器学习方法在对心电图的心律不齐分类方面已经达到了人类水平的表现。但是,这些体系结构容易受到对抗攻击的影响,这可能会通过降低模型的准确性来误解ECG信号。对抗性攻击是在原始数据中注入的小型制作的扰动,这些扰动表现出信号的过度分发转移,以错误地分类正确的类。因此,滥用这些扰动的虚假住院和保险欺诈引起了安全问题。为了减轻此问题,我们引入了第一个新型的条件生成对抗网络(GAN),可抵抗对抗性攻击的ECG信号,并保持高精度。我们的体系结构集成了一个新的类加权目标函数,用于对抗扰动识别和新的块,用于辨别和组合学习过程中信号中的分布外变化,以准确地对各种心律失常类型进行分类。此外,我们在六种不同的白色和黑色盒子攻击上对架构进行了基准测试,并将它们与最近提出的其他心律失常分类模型进行比较,这是两个公开可用的ECG心律失常数据集。该实验证实,我们的模型对这种对抗性攻击更为强大,以高精度对心律不齐进行分类。
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睡眠呼吸暂停(SA)是一种睡眠障碍,其特征是打s和慢性睡眠,这可能导致严重的疾病,例如高血压,心力衰竭和心肌病(心脏肌肉组织的增大)。心电图(ECG)在识别SA中起着至关重要的作用,因为它可能显示出异常的心脏活性。对基于ECG的SA检测的最新研究集中在功能工程技术上,这些技术从多铅ECG信号中提取特定特征,并将其用作分类模型输入。在这项研究中,提出了一种基于S峰检测的新型特征提取方法,以增强使用单铅ECG对相邻SA段的检测。特别是,使用单个铅(V2)收集的ECG特征用于识别SA发作。在提取的功能上,对CNN模型进行了训练以检测SA。实验结果表明,所提出的方法从单铅ECG数据中检测到SA比现有的最新方法更准确,具有91.13%的分类精度,敏感性为92.58%和88.75%的特异性。此外,与S峰相关的特征的进一步使用可以提高分类准确性0.85%。我们的发现表明,提出的机器学习系统有可能成为检测SA发作的有效方法。
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时间序列数据在许多现实世界中(例如,移动健康)和深神经网络(DNNS)中产生,在解决它们方面已取得了巨大的成功。尽管他们成功了,但对他们对对抗性攻击的稳健性知之甚少。在本文中,我们提出了一个通过统计特征(TSA-STAT)}称为时间序列攻击的新型对抗框架}。为了解决时间序列域的独特挑战,TSA-STAT对时间序列数据的统计特征采取限制来构建对抗性示例。优化的多项式转换用于创建比基于加性扰动的攻击(就成功欺骗DNN而言)更有效的攻击。我们还提供有关构建对抗性示例的统计功能规范的认证界限。我们对各种现实世界基准数据集的实验表明,TSA-STAT在欺骗DNN的时间序列域和改善其稳健性方面的有效性。 TSA-STAT算法的源代码可在https://github.com/tahabelkhouja/time-series-series-attacks-via-statity-features上获得
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尽管机器学习系统的效率和可扩展性,但最近的研究表明,许多分类方法,尤其是深神经网络(DNN),易受对抗的例子;即,仔细制作欺骗训练有素的分类模型的例子,同时无法区分从自然数据到人类。这使得在安全关键区域中应用DNN或相关方法可能不安全。由于这个问题是由Biggio等人确定的。 (2013)和Szegedy等人。(2014年),在这一领域已经完成了很多工作,包括开发攻击方法,以产生对抗的例子和防御技术的构建防范这些例子。本文旨在向统计界介绍这一主题及其最新发展,主要关注对抗性示例的产生和保护。在数值实验中使用的计算代码(在Python和R)公开可用于读者探讨调查的方法。本文希望提交人们将鼓励更多统计学人员在这种重要的令人兴奋的领域的产生和捍卫对抗的例子。
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目的:我们提出了一种从面部视频中检测到房颤(AF)检测的非接触式方法。方法:记录了100名健康受试者和100名AF患者的面部视频,心电图(ECG)和接触光摄影(PPG)。来自健康受试者的数据记录都被标记为健康。两名心脏病专家评估了患者的心电图记录,并将每种记录标记为AF,窦性心律(SR)或心房颤动(AFL)。我们使用3D卷积神经网络进行远程PPG监测,并提出了新的损耗函数(Wasserstein距离),以使用接触PPG的收缩峰的时间作为我们的模型训练的标签。然后,根据beat间隔计算一组心率变异性(HRV)功能,并使用HRV功能训练支持向量机(SVM)分类器。结果:我们提出的方法可以准确地从面部视频中提取收缩峰以进行AF检测。提出的方法通过与30s视频剪辑的10倍交叉验证进行了训练,并在两个任务上进行了测试。 1)健康与AF的分类:准确性,灵敏度和特异性为96.00%,95.36%和96.12%。 2)SR与AF的分类:准确性,灵敏度和特异性为95.23%,98.53%和91.12%。此外,我们还证明了非接触式AFL检测的可行性。结论:我们通过学习收缩峰来实现非接触AF检测的良好性能。显着性:非接触性AF检测可用于自我筛查,可疑在家中可疑人群或治疗慢性患者治疗后自我监控。
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目的:确定逼真,但是电磁图的计算上有效模型可用于预先列车,具有广泛的形态和特定于给定条件的形态和异常 - T波段(TWA)由于创伤后应激障碍,或重点 - 在稀有人的小型数据库上显着提高了性能。方法:使用先前经过验证的人工ECG模型,我们生成了180,000人的人工ECG,有或没有重要的TWA,具有不同的心率,呼吸率,TWA幅度和ECG形态。在70,000名患者中培训的DNN进行分类为25种不同的节奏,将输出层修改为二进制类(TWA或NO-TWA,或等效,PTSD或NO-PTSD),并对人工ECG进行转移学习。在最终转移学习步骤中,DNN在ECG的培训和交叉验证,从12个PTE和24个控件,用于使用三个数据库的所有组合。主要结果:通过进行转移学习步骤,使用预先培训的心律失常DNN,人工数据和真实的PTSD相关的心电图数据,发现了最佳性能的方法(AUROC = 0.77,精度= 0.72,F1-SCATE = 0.64) 。从训练中删除人工数据导致性能的最大下降。从培训中取出心律失常数据提供了适度但重要的,表现下降。最终模型在人工数据上显示出在性能下没有显着下降,表明没有过度拟合。意义:在医疗保健中,通常只有一小部分高质量数据和标签,或更大的数据库,质量较低(和较差的相关)标签。这里呈现的范式,涉及基于模型的性能提升,通过在大型现实人工数据库和部分相关的真实数据库上传输学习来提供解决方案。
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Time series anomaly detection has applications in a wide range of research fields and applications, including manufacturing and healthcare. The presence of anomalies can indicate novel or unexpected events, such as production faults, system defects, or heart fluttering, and is therefore of particular interest. The large size and complex patterns of time series have led researchers to develop specialised deep learning models for detecting anomalous patterns. This survey focuses on providing structured and comprehensive state-of-the-art time series anomaly detection models through the use of deep learning. It providing a taxonomy based on the factors that divide anomaly detection models into different categories. Aside from describing the basic anomaly detection technique for each category, the advantages and limitations are also discussed. Furthermore, this study includes examples of deep anomaly detection in time series across various application domains in recent years. It finally summarises open issues in research and challenges faced while adopting deep anomaly detection models.
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心电图(ECG)是用于监测心脏电信号和评估其功能的最常见和常规诊断工具。人心脏可能患有多种疾病,包括心律不齐。心律不齐是一种不规则的心律,在严重的情况下会导致心脏中风,可以通过ECG记录诊断。由于早期发现心律不齐非常重要,因此在过去的几十年中,计算机化和自动化的分类以及这些异常心脏信号的识别引起了很多关注。方法:本文引入了一种轻度的深度学习方法,以高精度检测8种不同的心律不齐和正常节奏。为了利用深度学习方法,将重新采样和基线徘徊清除技术应用于ECG信号。在这项研究中,将500个样本ECG段用作模型输入。节奏分类是通过11层网络以端到端方式完成的,而无需手工制作的手动功能提取。结果:为了评估提出的技术,从两个Physionet数据库,MIT-BIH心律失常数据库和长期AF数据库中选择了ECG信号。基于卷积神经网络(CNN)和长期记忆(LSTM)的组合,提出的深度学习框架比大多数最先进的方法显示出令人鼓舞的结果。所提出的方法达到98.24%的平均诊断准确性。结论:成功开发和测试了使用多种心电图信号的心律失常分类的训练有素的模型。意义:由于本工作使用具有高诊断精度的光分类技术与其他值得注意的方法相比,因此可以在Holter Monitor设备中成功实施以进行心律失常检测。
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Neural machine translation (NMT) has become the de-facto standard in real-world machine translation applications. However, NMT models can unpredictably produce severely pathological translations, known as hallucinations, that seriously undermine user trust. It becomes thus crucial to implement effective preventive strategies to guarantee their proper functioning. In this paper, we address the problem of hallucination detection in NMT by following a simple intuition: as hallucinations are detached from the source content, they exhibit encoder-decoder attention patterns that are statistically different from those of good quality translations. We frame this problem with an optimal transport formulation and propose a fully unsupervised, plug-in detector that can be used with any attention-based NMT model. Experimental results show that our detector not only outperforms all previous model-based detectors, but is also competitive with detectors that employ large models trained on millions of samples.
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目的:心电图(ECG)信号通常会遭受噪声干扰,例如基线徘徊。心电图信号的高质量和高保真重建对于诊断心血管疾病具有重要意义。因此,本文提出了一种新型的心电图基线徘徊和降噪技术。方法:我们以特定于心电图信号的条件方式扩展模型,即心电图基线徘徊和噪声去除(Descod-ECG)的基于深度分数的扩散模型。此外,我们部署了一个多拍的平均策略,以改善信号重建。我们在QT数据库和MIT-BIH噪声应力测试数据库上进行了实验,以验证该方法的可行性。采用基线方法进行比较,包括传统的基于数字过滤器和基于深度学习的方法。结果:数量评估结果表明,所提出的方法在四个基于距离的相似性指标(平方距离的总和,最大绝对正方形,根距离的百分比和余弦相似性)上获得了出色的性能,并具有3.771 $ \ pm $ 5.713 au,$ 5.713 au, 0.329 $ \ pm $ 0.258 au,40.527 $ \ pm $ 26.258 \%和0.926 $ \ pm $ 0.087。与最佳基线方法相比,这至少导致了至少20%的总体改进。结论:本文证明了Descod-ECG的最新性能用于ECG噪声,该噪声可以更好地近似真实的数据分布和在极端噪声腐败下较高的稳定性。意义:这项研究是最早扩展基于条件扩散的生成模型以去除ECG噪声的研究之一,并且Descod-ECG具有广泛用于生物医学应用的潜力。
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深度学习在使用心电图(ECG)数据分类不同的心律失常方面发挥着重要作用。然而,培训深入学习模型通常需要大量数据,它可能导致隐私问题。不幸的是,无法从单个筒仓中容易地收集大量的医疗保健数据。此外,深度学习模型就像黑盒子,没有解释的预测结果,通常在临床医疗保健中需要。这限制了深度学习在现实世界卫生系统中的应用。在本文中,我们设计了一种基于ECG的医疗保健应用的联邦设置的新的可解释的人工智能(XAI)的深度学习框架。联合设置用于解决数据可用性和隐私问题等问题。此外,所提出的框架设置有效地根据卷积神经网络(CNN)使用AutoEncoder和分类器来分类心律失常。此外,我们提出了一个基于XAI的模块,在拟议的分类器的顶部上解释了分类结果,帮助临床从业者做出快速可靠的决策。拟议的框架是使用MIT-BIH心律失常数据库进行培训和测试。分类器可分别使用噪声和清洁数据进行高达94%和98%的精度,使用嘈杂和清洁数据,具有五倍的交叉验证。
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心电图(ECG)是一种简单的非侵入性措施,用于识别与心律失常相关的问题,例如称为心律失常的不规则心跳。尽管人工智能和机器学习被用于广泛的与医疗保健相关的应用程序和数据集中,但近年来已经提出了许多使用深度学习方法的心律失常分类器。但是,可以从中构建和评估机器学习模型的可用数据集的尺寸通常很小,并且缺乏通知的公共ECG数据集很明显。在本文中,我们提出了一个深入的转移学习框架,旨在在小型培训数据集上执行分类。提出的方法是根据AAMI EC57标准,用MIT-BIH心律失常数据集微调通用图像分类器RESNET-18。本文进一步研究了许多现有的深度学习模型,这些模型未能避免根据AAMI建议泄漏数据。我们比较不同的数据拆分方法如何影响模型性能。这项比较研究表明,在使用包括MIT-BIH心律失常数据集在内时,心律不齐分类的未来工作应遵循AAMI EC57标准。
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心血管疾病(CVD)是一组心脏和血管疾病,是对人类健康最严重的危险之一,此类患者的数量仍在增长。早期,准确的检测在成功治疗和干预中起着关键作用。心电图(ECG)是识别各种心血管异常的金标准。在临床实践和当前大多数研究中,主要使用标准的12铅ECG。但是,使用较少的铅可以使ECG更加普遍,因为可以通过便携式或可穿戴设备来方便地记录它。在这项研究中,我们开发了一种新颖的深度学习系统,以仅使用三个ECG铅来准确识别多个心血管异常。
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