膝关节X射线上的膝盖骨关节炎(KOA)的评估是使用总膝关节置换术的中心标准。但是,该评估遭受了不精确的标准,并且读取器间的可变性非常高。对KOA严重性的算法,自动评估可以通过提高其使用的适当性来改善膝盖替代程序的总体结果。我们提出了一种基于深度学习的新型五步算法,以自动从X光片后验(PA)视图对KOA进行评级:(1)图像预处理(2)使用Yolo V3-tiny模型,图像在图像中定位膝关节, (3)使用基于卷积神经网络的分类器对骨关节炎的严重程度进行初步评估,(4)关节分割和关节空间狭窄(JSN)的计算(JSN)和(5),JSN和最初的结合评估确定最终的凯尔格伦法律(KL)得分。此外,通过显示用于进行评估的分割面具,我们的算法与典型的“黑匣子”深度学习分类器相比表现出更高的透明度。我们使用我们机构的两个公共数据集和一个数据集进行了全面的评估,并表明我们的算法达到了最先进的性能。此外,我们还从机构中的多个放射科医生那里收集了评分,并表明我们的算法在放射科医生级别进行。该软件已在https://github.com/maciejmazurowowski/osteoarthitis-classification上公开提供。
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使用Kellgren-Lawence分级系统在放射线照片中评估放射性骨关节炎的严重程度评估放射科医生的表现,是放射学家的表现。根据Kellgren-Lawence分级系统,开发一种自动化的基于深度学习的算法,该算法使用膝盖X光片的后侧(PA)和侧面(LAT)视图来评估膝关节骨关节炎的严重程度。我们使用了来自多中心骨关节炎研究的2802名患者的9739例检查的数据集(大多数)。该数据集分为2040名患者的训练集,259例患者的验证和503例患者的测试组。一种新型的基于深度学习的方法用于评估膝关节OA分为两个步骤:(1)图像中膝关节的定位,(2)根据KL分级系统进行分类。我们的方法同时使用PA和LAT视图作为模型的输入。将算法生成的分数与整个测试集的最多数据集中提供的等级以及我们机构中5位放射科医生提供的成绩进行了比较。与大多数数据集中提供的评分相比,该模型在整个测试集上获得了71.90%的多级准确性。该组的二次加权KAPPA系数为0.9066。我们机构的所有放射科医生对研究的平均二次加权Kappa为0.748。我们机构的算法和放射科医生之间的平均二次加权Kappa为0.769。所提出的模型表明,KL分类与MSK放射科医生的等效性,但显然可重复性。我们的模型还与我们机构的放射科医生同意与放射科医生相同的程度。该算法可用于提供膝关节炎严重程度的可重复评估。
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对骨关节炎(OA)的磁共振成像(MRI)扫描的客观评估可以解决当前OA评估的局限性。 OA客观评估是必需的骨,软骨和关节液的分割。大多数提出的分割方法都不执行实例分割,并且遭受了类不平衡问题。这项研究部署了蒙版R-CNN实例分割并改进了IT(改进的面罩R-CNN(IMASKRCNN)),以获得与OA相关组织的更准确的广义分割。该方法的训练和验证是使用骨关节炎倡议(OAI)数据集的500次MRI膝盖和有症状髋关节OA患者的97次MRI扫描进行的。掩盖R-CNN的三个修改产生了iMaskRCNN:添加第二个Roialigned块,在掩码标先中添加了额外的解码器层,并通过跳过连接将它们连接起来。使用Hausdorff距离,骰子评分和变异系数(COV)评估结果。与面膜RCNN相比,iMaskRCNN导致骨骼和软骨分割的改善,这表明股骨的骰子得分从95%增加到98%,胫骨的95%到97%,股骨软骨的71%至80%,81%和81%胫骨软骨的%至82%。对于积液检测,iMaskRCNN 72%比MaskRCNN 71%改善了骰子。 Reader1和Mask R-CNN(0.33),Reader1和ImaskRCNN(0.34),Reader2和Mask R-CNN(0.22),Reader2和iMaskRCNN(0.29)之间的积液检测的COV值(0.34),读取器2和mask r-CNN(0.22)接近COV之间,表明人类读者与蒙版R-CNN和ImaskRCNN之间的一致性很高。蒙版R-CNN和ImaskRCNN可以可靠,同时提取与OA有关的不同规模的关节组织,从而为OA的自动评估构成基础。 iMaskRCNN结果表明,修改改善了边缘周围的网络性能。
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最近的人工智能(AI)算法已在各种医学分类任务上实现了放射科医生级的性能。但是,只有少数研究涉及CXR扫描异常发现的定位,这对于向放射学家解释图像级分类至关重要。我们在本文中介绍了一个名为Vindr-CXR的可解释的深度学习系统,该系统可以将CXR扫描分类为多种胸部疾病,同时将大多数类型的关键发现本地化在图像上。 Vindr-CXR接受了51,485次CXR扫描的培训,并通过放射科医生提供的边界盒注释进行了培训。它表现出与经验丰富的放射科医生相当的表现,可以在3,000张CXR扫描的回顾性验证集上对6种常见的胸部疾病进行分类,而在接收器操作特征曲线(AUROC)下的平均面积为0.967(95%置信区间[CI]:0.958---------0.958------- 0.975)。 VINDR-CXR在独立患者队列中也得到了外部验证,并显示出其稳健性。对于具有14种类型病变的本地化任务,我们的自由响应接收器操作特征(FROC)分析表明,VINDR-CXR以每扫描确定的1.0假阳性病变的速率达到80.2%的敏感性。还进行了一项前瞻性研究,以衡量VINDR-CXR在协助六名经验丰富的放射科医生方面的临床影响。结果表明,当用作诊断工具时,提出的系统显着改善了放射科医生本身之间的一致性,平均Fleiss的Kappa的同意增加了1.5%。我们还观察到,在放射科医生咨询了Vindr-CXR的建议之后,在平均Cohen的Kappa中,它们和系统之间的一致性显着增加了3.3%。
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X-ray imaging technology has been used for decades in clinical tasks to reveal the internal condition of different organs, and in recent years, it has become more common in other areas such as industry, security, and geography. The recent development of computer vision and machine learning techniques has also made it easier to automatically process X-ray images and several machine learning-based object (anomaly) detection, classification, and segmentation methods have been recently employed in X-ray image analysis. Due to the high potential of deep learning in related image processing applications, it has been used in most of the studies. This survey reviews the recent research on using computer vision and machine learning for X-ray analysis in industrial production and security applications and covers the applications, techniques, evaluation metrics, datasets, and performance comparison of those techniques on publicly available datasets. We also highlight some drawbacks in the published research and give recommendations for future research in computer vision-based X-ray analysis.
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Color fundus photography and Optical Coherence Tomography (OCT) are the two most cost-effective tools for glaucoma screening. Both two modalities of images have prominent biomarkers to indicate glaucoma suspected. Clinically, it is often recommended to take both of the screenings for a more accurate and reliable diagnosis. However, although numerous algorithms are proposed based on fundus images or OCT volumes in computer-aided diagnosis, there are still few methods leveraging both of the modalities for the glaucoma assessment. Inspired by the success of Retinal Fundus Glaucoma Challenge (REFUGE) we held previously, we set up the Glaucoma grAding from Multi-Modality imAges (GAMMA) Challenge to encourage the development of fundus \& OCT-based glaucoma grading. The primary task of the challenge is to grade glaucoma from both the 2D fundus images and 3D OCT scanning volumes. As part of GAMMA, we have publicly released a glaucoma annotated dataset with both 2D fundus color photography and 3D OCT volumes, which is the first multi-modality dataset for glaucoma grading. In addition, an evaluation framework is also established to evaluate the performance of the submitted methods. During the challenge, 1272 results were submitted, and finally, top-10 teams were selected to the final stage. We analysis their results and summarize their methods in the paper. Since all these teams submitted their source code in the challenge, a detailed ablation study is also conducted to verify the effectiveness of the particular modules proposed. We find many of the proposed techniques are practical for the clinical diagnosis of glaucoma. As the first in-depth study of fundus \& OCT multi-modality glaucoma grading, we believe the GAMMA Challenge will be an essential starting point for future research.
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语义图像分割是手术中的背景知识和自治机器人的重要前提。本领域的状态专注于在微创手术期间获得的传统RGB视频数据,但基于光谱成像数据的全景语义分割并在开放手术期间获得几乎没有注意到日期。为了解决文献中的这种差距,我们正在研究基于在开放手术环境中获得的猪的高光谱成像(HSI)数据的以下研究问题:(1)基于神经网络的HSI数据的充分表示是完全自动化的器官分割,尤其是关于数据的空间粒度(像素与Superpixels与Patches与完整图像)的空间粒度? (2)在执行语义器官分割时,是否有利用HSI数据使用HSI数据,即RGB数据和处理的HSI数据(例如氧合等组织参数)?根据基于20猪的506个HSI图像的全面验证研究,共注释了19个类,基于深度的学习的分割性能 - 贯穿模态 - 与输入数据的空间上下文一致。未处理的HSI数据提供优于RGB数据或来自摄像机提供商的处理数据,其中优势随着输入到神经网络的输入的尺寸而增加。最大性能(应用于整个图像的HSI)产生了0.89(标准偏差(SD)0.04)的平均骰子相似度系数(DSC),其在帧间间变异性(DSC为0.89(SD 0.07)的范围内。我们得出结论,HSI可以成为全自动手术场景理解的强大的图像模型,其具有传统成像的许多优点,包括恢复额外功能组织信息的能力。
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With the rapid development of artificial intelligence (AI) in medical image processing, deep learning in color fundus photography (CFP) analysis is also evolving. Although there are some open-source, labeled datasets of CFPs in the ophthalmology community, large-scale datasets for screening only have labels of disease categories, and datasets with annotations of fundus structures are usually small in size. In addition, labeling standards are not uniform across datasets, and there is no clear information on the acquisition device. Here we release a multi-annotation, multi-quality, and multi-device color fundus image dataset for glaucoma analysis on an original challenge -- Retinal Fundus Glaucoma Challenge 2nd Edition (REFUGE2). The REFUGE2 dataset contains 2000 color fundus images with annotations of glaucoma classification, optic disc/cup segmentation, as well as fovea localization. Meanwhile, the REFUGE2 challenge sets three sub-tasks of automatic glaucoma diagnosis and fundus structure analysis and provides an online evaluation framework. Based on the characteristics of multi-device and multi-quality data, some methods with strong generalizations are provided in the challenge to make the predictions more robust. This shows that REFUGE2 brings attention to the characteristics of real-world multi-domain data, bridging the gap between scientific research and clinical application.
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视网膜脉管系统的研究是筛查和诊断许多疾病的基本阶段。完整的视网膜血管分析需要将视网膜的血管分为动脉和静脉(A/V)。早期自动方法在两个顺序阶段接近这些分割和分类任务。但是,目前,这些任务是作为联合语义分割任务处理的,因为分类结果在很大程度上取决于血管分割的有效性。在这方面,我们提出了一种新的方法,用于从眼睛眼睛图像中对视网膜A/V进行分割和分类。特别是,我们提出了一种新颖的方法,该方法与以前的方法不同,并且由于新的损失,将联合任务分解为针对动脉,静脉和整个血管树的三个分割问题。这种配置允许直观地处理容器交叉口,并直接提供不同靶血管树的精确分割罩。提供的关于公共视网膜图血管树提取(RITE)数据集的消融研究表明,所提出的方法提供了令人满意的性能,尤其是在不同结构的分割中。此外,与最新技术的比较表明,我们的方法在A/V分类中获得了高度竞争的结果,同时显着改善了血管分割。提出的多段方法允许检测更多的血管,并更好地分割不同的结构,同时实现竞争性分类性能。同样,用这些术语来说,我们的方法优于各种参考作品的方法。此外,与以前的方法相比,该方法允许直接检测到容器交叉口,并在这些复杂位置保留A/V的连续性。
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晚期钆增强磁共振成像(LGE MRI)通常用于可视化和量化左心房(LA)疤痕。疤痕的位置和程度提供了心理生理学和心房颤动进展的重要信息(AF)。因此,LGE MRI的La Scar分段和量化可用于AF患者的计算机辅助诊断和治疗分层。由于手动描绘可能是耗时的,并且经过专家内和专家间变异性,因此非常需要自动化这种计算,这然而仍然仍然具有挑战性和研究。本文旨在为La腔,墙壁,瘢痕和消融差距分割和LGE MRI的定量提供系统审查,以及AF研究的相关文献。具体而言,我们首先总结AF相关的成像技术,特别是LGE MRI。然后,我们详细介绍了四个计算任务的方法,并总结了每个任务中应用的验证策略。最后,概述了未来可能的未来发展,简要调查了上述方法的潜在临床应用。审查表明,该主题的研究仍处于早期阶段。虽然已经提出了几种方法,但特别是对于LA分割,由于与图像采集的高度变化相关的性能问题和图像采集差异有关的性能问题,仍有很大的算法发展。
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作为一线诊断成像方式,射线照相在早期检测髋关节发育不良(DDH)中起着至关重要的作用。在临床上,DDH的诊断依赖于手动测量和对骨盆X光片不同解剖特征的主观评估。这个过程效率低下且容易出错,需要多年的临床经验。在这项研究中,我们提出了一个基于深度学习的系统,该系统自动从X光片中自动检测14个关键点,测量三个解剖学角度(中心边缘,T \“ Onnis和Sharp Angles),并将DDH臀部分类为I-IV级别I-IV级别此外,提出了一种新型数据驱动的评分系统,以定量地整合DDH诊断的信息。提出的键盘检测模型达到了平均值(95%置信区间[CI])的平均精度为0.807) (0.804-0.810。 )和0.953(0.947-0.960),它们明显高于经验丰富的骨科医生(p <0.0001)。此外,使用拟议的得分获得的平均(95%CI)测试诊断协议(Cohen's Kappa)系统为0.84(0.83-0.85),whi CH显着高于从诊断标准获得的单个角度(0.76 [0.75-0.77])和骨科医生(0.71 [0.63-0.79])的CH。据我们所知,这是通过利用深度学习关键点检测和整合不同解剖学测量值的首次进行客观DDH诊断的研究,这可以为临床决策提供可靠且可解释的支持。
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Delineation of the left ventricular cavity, myocardium and right ventricle from cardiac magnetic resonance images (multi-slice 2D cine MRI) is a common clinical task to establish diagnosis. The automation of the corresponding tasks has thus been the subject of intense research over the past decades. In this paper, we introduce the "Automatic Cardiac Diagnosis Challenge" dataset (ACDC), the largest publicly-available and fully-annotated dataset for the purpose of Cardiac MRI (CMR) assessment. The dataset contains data from 150 multi-equipments CMRI recordings with reference measurements and classification O. Bernard and F. Cervenansky are with the
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组织学图像中核和腺体的实例分割是用于癌症诊断,治疗计划和生存分析的计算病理学工作流程中的重要一步。随着现代硬件的出现,大规模质量公共数据集的最新可用性以及社区组织的宏伟挑战已经看到了自动化方法的激增,重点是特定领域的挑战,这对于技术进步和临床翻译至关重要。在这项调查中,深入分析了过去五年(2017-2022)中发表的原子核和腺体实例细分的126篇论文,进行了深入分析,讨论了当前方法的局限性和公开挑战。此外,提出了潜在的未来研究方向,并总结了最先进方法的贡献。此外,还提供了有关公开可用数据集的概括摘要以及关于说明每种挑战的最佳性能方法的巨大挑战的详细见解。此外,我们旨在使读者现有研究的现状和指针在未来的发展方向上开发可用于临床实践的方法,从而可以改善诊断,分级,预后和癌症的治疗计划。据我们所知,以前没有工作回顾了朝向这一方向的组织学图像中的实例细分。
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慢性伤口显着影响生活质量。如果没有正确管理,他们可能会严重恶化。基于图像的伤口分析可以通过量化与愈合相关的重要特征来客观地评估伤口状态。然而,伤口类型,图像背景组成和捕获条件的高异质性挑战伤口图像的鲁棒分割。我们呈现了检测和段(DS),深度学习方法,以产生具有高泛化能力的伤口分割图。在我们的方法中,专门的深度神经网络检测到伤口位置,从未经信息背景隔离伤口,并计算伤口分割图。我们使用具有糖尿病脚溃疡图像的一个数据集评估了这种方法。为了进一步测试,使用4个补充独立数据组,具有来自不同体积的较大种类的伤口类型。当以相同的方法组合检测和分割时,在将完整图像上的分割到0.85时,Matthews的相关系数(MCC)从0.29提高到0.29。当从补充数据集汲取的卷绕图像上进行测试时,DS方法将平均MCC从0.17增加到0.85。此外,DS方法使得分段模型的培训能够在保持分割性能的同时培训高达90%的训练数据。
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尽管自动图像分析的重要性不断增加,但最近的元研究揭示了有关算法验证的主要缺陷。性能指标对于使用的自动算法的有意义,客观和透明的性能评估和验证尤其是关键,但是在使用特定的指标进行给定的图像分析任务时,对实际陷阱的关注相对较少。这些通常与(1)无视固有的度量属性,例如在存在类不平衡或小目标结构的情况下的行为,(2)无视固有的数据集属性,例如测试的非独立性案例和(3)无视指标应反映的实际生物医学领域的兴趣。该动态文档的目的是说明图像分析领域通常应用的性能指标的重要局限性。在这种情况下,它重点介绍了可以用作图像级分类,语义分割,实例分割或对象检测任务的生物医学图像分析问题。当前版本是基于由全球60多家机构的国际图像分析专家进行的关于指标的Delphi流程。
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2019年12月,一个名为Covid-19的新型病毒导致了迄今为止的巨大因果关系。与新的冠状病毒的战斗在西班牙语流感后令人振奋和恐怖。虽然前线医生和医学研究人员在控制高度典型病毒的传播方面取得了重大进展,但技术也证明了在战斗中的重要性。此外,许多医疗应用中已采用人工智能,以诊断许多疾病,甚至陷入困境的经验丰富的医生。因此,本调查纸探讨了提议的方法,可以提前援助医生和研究人员,廉价的疾病诊断方法。大多数发展中国家难以使用传统方式进行测试,但机器和深度学习可以采用显着的方式。另一方面,对不同类型的医学图像的访问已经激励了研究人员。结果,提出了一种庞大的技术数量。本文首先详细调了人工智能域中传统方法的背景知识。在此之后,我们会收集常用的数据集及其用例日期。此外,我们还显示了采用深入学习的机器学习的研究人员的百分比。因此,我们对这种情况进行了彻底的分析。最后,在研究挑战中,我们详细阐述了Covid-19研究中面临的问题,我们解决了我们的理解,以建立一个明亮健康的环境。
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To analyze this characteristic of vulnerability, we developed an automated deep learning method for detecting microvessels in intravascular optical coherence tomography (IVOCT) images. A total of 8,403 IVOCT image frames from 85 lesions and 37 normal segments were analyzed. Manual annotation was done using a dedicated software (OCTOPUS) previously developed by our group. Data augmentation in the polar (r,{\theta}) domain was applied to raw IVOCT images to ensure that microvessels appear at all possible angles. Pre-processing methods included guidewire/shadow detection, lumen segmentation, pixel shifting, and noise reduction. DeepLab v3+ was used to segment microvessel candidates. A bounding box on each candidate was classified as either microvessel or non-microvessel using a shallow convolutional neural network. For better classification, we used data augmentation (i.e., angle rotation) on bounding boxes with a microvessel during network training. Data augmentation and pre-processing steps improved microvessel segmentation performance significantly, yielding a method with Dice of 0.71+/-0.10 and pixel-wise sensitivity/specificity of 87.7+/-6.6%/99.8+/-0.1%. The network for classifying microvessels from candidates performed exceptionally well, with sensitivity of 99.5+/-0.3%, specificity of 98.8+/-1.0%, and accuracy of 99.1+/-0.5%. The classification step eliminated the majority of residual false positives, and the Dice coefficient increased from 0.71 to 0.73. In addition, our method produced 698 image frames with microvessels present, compared to 730 from manual analysis, representing a 4.4% difference. When compared to the manual method, the automated method improved microvessel continuity, implying improved segmentation performance. The method will be useful for research purposes as well as potential future treatment planning.
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冠心病(CHD)是现代世界中死亡的主要原因。用于诊断和治疗CHD的现代分析工具的开发正在从科学界受到极大的关注。基于深度学习的算法,例如分割网络和检测器,通过及时分析患者的血管造影来协助医疗专业人员,在协助医疗专业人员方面发挥着重要作用。本文着重于X射线冠状动脉造影(XCA),该血管造影被认为是CHD诊断和治疗中的“黄金标准”。首先,我们描述了XCA图像的公开可用数据集。然后,审查了图像预处理的经典和现代技术。此外,讨论了共同的框架选择技术,这是输入质量以及模型性能的重要因素。在以下两章中,我们讨论了现代血管分割和狭窄检测网络,最后是当前最新技术的开放问题和当前局限性。
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开发旨在增强胎儿监测的创新信息学方法是生殖医学研究的新领域。已经对人工智能(AI)技术进行了几项评论,以改善妊娠结局。他们的限制是专注于特定数据,例如怀孕期间母亲的护理。这项系统的调查旨在探讨人工智能(AI)如何通过超声(US)图像帮助胎儿生长监测。我们使用了八个医学和计算机科学书目数据库,包括PubMed,Embase,Psycinfo,ScienceDirect,IEEE Explore,ACM图书馆,Google Scholar和Web of Science。我们检索了2010年至2021年之间发表的研究。从研究中提取的数据是使用叙述方法合成的。在1269项检索研究中,我们包括了107项与调查中有关该主题的查询的不同研究。我们发现,与3D和4D超声图像(n = 19)相比,2D超声图像更受欢迎(n = 88)。分类是最常用的方法(n = 42),其次是分割(n = 31),与分割(n = 16)集成的分类和其他其他杂项,例如对象检测,回归和增强学习(n = 18)。妊娠结构域中最常见的区域是胎儿头(n = 43),然后是胎儿(n = 31),胎儿心脏(n = 13),胎儿腹部(n = 10),最后是胎儿的面孔(n = 10)。在最近的研究中,深度学习技术主要使用(n = 81),其次是机器学习(n = 16),人工神经网络(n = 7)和增强学习(n = 2)。 AI技术在预测胎儿疾病和鉴定怀孕期间胎儿解剖结构中起着至关重要的作用。需要进行更多的研究来从医生的角度验证这项技术,例如试点研究和有关AI及其在医院环境中的应用的随机对照试验。
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Pneumonia, a respiratory infection brought on by bacteria or viruses, affects a large number of people, especially in developing and impoverished countries where high levels of pollution, unclean living conditions, and overcrowding are frequently observed, along with insufficient medical infrastructure. Pleural effusion, a condition in which fluids fill the lung and complicate breathing, is brought on by pneumonia. Early detection of pneumonia is essential for ensuring curative care and boosting survival rates. The approach most usually used to diagnose pneumonia is chest X-ray imaging. The purpose of this work is to develop a method for the automatic diagnosis of bacterial and viral pneumonia in digital x-ray pictures. This article first presents the authors' technique, and then gives a comprehensive report on recent developments in the field of reliable diagnosis of pneumonia. In this study, here tuned a state-of-the-art deep convolutional neural network to classify plant diseases based on images and tested its performance. Deep learning architecture is compared empirically. VGG19, ResNet with 152v2, Resnext101, Seresnet152, Mobilenettv2, and DenseNet with 201 layers are among the architectures tested. Experiment data consists of two groups, sick and healthy X-ray pictures. To take appropriate action against plant diseases as soon as possible, rapid disease identification models are preferred. DenseNet201 has shown no overfitting or performance degradation in our experiments, and its accuracy tends to increase as the number of epochs increases. Further, DenseNet201 achieves state-of-the-art performance with a significantly a smaller number of parameters and within a reasonable computing time. This architecture outperforms the competition in terms of testing accuracy, scoring 95%. Each architecture was trained using Keras, using Theano as the backend.
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