这项工作提出了一种新型的自我监督的预训练方法,以学习有效的表示,而没有在组织病理学医学图像上使用放大倍率的因素进行标签。其他最先进的工作主要集中在完全监督的学习方法上,这些学习方法严重依赖人类注释。但是,标记和未标记数据的稀缺性是组织病理学的长期挑战。当前,没有标签的表示学习仍未探索组织病理学领域。提出的方法是放大事先的对比相似性(MPC),可以通过利用放大倍率,电感转移和减少人类先验的宽度乳腺癌数据集中的无标签来进行自我监督的学习。当仅20%的标签用于微调和表现以前的工作中,在完全监督的学习环境中,该方法与恶性分类的最新学习相匹配。它提出了一个假设,并提供了经验证据来支持,从而减少人类优先导致自学​​中有效表示学习。这项工作的实施可在github-https://github.com/prakashchhipa/magnification-prior-self-supervised-method上在线获得。
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在过去几年中,无监督的学习取得了很大的进展,特别是通过对比的自我监督学习。用于基准测试自我监督学习的主导数据集已经想象,最近的方法正在接近通过完全监督培训实现的性能。然而,ImageNet DataSet在很大程度上是以对象为中心的,并且目前尚不清楚这些方法的广泛不同的数据集和任务,这些方法是非以对象为中心的,例如数字病理学。虽然自我监督的学习已经开始在这个领域探讨了令人鼓舞的结果,但有理由看起来更接近这个环境与自然图像和想象成的不同。在本文中,我们对组织病理学进行了对比学学习的深入分析,引脚指向对比物镜的表现如何不同,由于组织病理学数据的特征。我们提出了一些考虑因素,例如对比目标和超参数调整的观点。在大量的实验中,我们分析了组织分类的下游性能如何受到这些考虑因素的影响。结果指出了对比学习如何减少数字病理中的注释工作,但需要考虑特定的数据集特征。为了充分利用对比学习目标,需要不同的视野和超参数校准。我们的结果为实现组织病理学应用的自我监督学习的全部潜力铺平了道路。
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Computational pathology can lead to saving human lives, but models are annotation hungry and pathology images are notoriously expensive to annotate. Self-supervised learning has shown to be an effective method for utilizing unlabeled data, and its application to pathology could greatly benefit its downstream tasks. Yet, there are no principled studies that compare SSL methods and discuss how to adapt them for pathology. To address this need, we execute the largest-scale study of SSL pre-training on pathology image data, to date. Our study is conducted using 4 representative SSL methods on diverse downstream tasks. We establish that large-scale domain-aligned pre-training in pathology consistently out-performs ImageNet pre-training in standard SSL settings such as linear and fine-tuning evaluations, as well as in low-label regimes. Moreover, we propose a set of domain-specific techniques that we experimentally show leads to a performance boost. Lastly, for the first time, we apply SSL to the challenging task of nuclei instance segmentation and show large and consistent performance improvements under diverse settings.
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Well-annotated medical datasets enable deep neural networks (DNNs) to gain strong power in extracting lesion-related features. Building such large and well-designed medical datasets is costly due to the need for high-level expertise. Model pre-training based on ImageNet is a common practice to gain better generalization when the data amount is limited. However, it suffers from the domain gap between natural and medical images. In this work, we pre-train DNNs on ultrasound (US) domains instead of ImageNet to reduce the domain gap in medical US applications. To learn US image representations based on unlabeled US videos, we propose a novel meta-learning-based contrastive learning method, namely Meta Ultrasound Contrastive Learning (Meta-USCL). To tackle the key challenge of obtaining semantically consistent sample pairs for contrastive learning, we present a positive pair generation module along with an automatic sample weighting module based on meta-learning. Experimental results on multiple computer-aided diagnosis (CAD) problems, including pneumonia detection, breast cancer classification, and breast tumor segmentation, show that the proposed self-supervised method reaches state-of-the-art (SOTA). The codes are available at https://github.com/Schuture/Meta-USCL.
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自我监督的对比表示学习提供了从未标记的医学数据集中学习有意义的视觉表示的优势,以进行转移学习。但是,将当前的对比度学习方法应用于医疗数据而不考虑其特定区域的解剖学特征可能会导致视觉表示,这些视觉表示在外观和语义上是不一致的。在本文中,我们建议通过解剖学对比度学习(AWCL)改善医学图像的视觉表示,该学习结合了解剖学信息,以以对比度学习方式增强正/阴性对采样。为自动化的胎儿超声成像任务展示了所提出的方法,从而使从解剖学上相似的相同或不同的超声扫描实现了正对,这些扫描在解剖学上相似,可以将其拉在一起,从而改善了表示的学习。我们从经验上研究了与粗粒和细粒度的粒度纳入解剖信息的效果,以进行对比学习,并发现使用细粒度的解剖学信息的学习能够保留阶层内差异比其对应物更有效。我们还分析了解剖比对我们的AWCL框架的影响,发现使用更独特但解剖学上的样品构成阳性对的影响会带来更好的质量表示。大规模胎儿超声数据集的实验表明,我们的方法对学习表征有效,可以很好地转移到三个临床下游任务,并且与受监督的Imagenet和当前的先进对比度学习方法相比,取得了优越的性能。特别是,在跨域分割任务上,AWCL的表现优于Imagenet监督方法,高于13.8%,基于最先进的对比度方法的方法为7.1%。
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胸部射线照相是一种相对便宜,广泛的医疗程序,可传达用于进行诊断决策的关键信息。胸部X射线几乎总是用于诊断呼吸系统疾病,如肺炎或最近的Covid-19。在本文中,我们提出了一个自我监督的深神经网络,其在未标记的胸部X射线数据集上掠夺。学习的陈述转移到下游任务 - 呼吸系统疾病的分类。在四个公共数据集获得的结果表明,我们的方法在不需要大量标记的培训数据的情况下产生竞争力。
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背景:宫颈癌严重影响了女性生殖系统的健康。光学相干断层扫描(OCT)作为宫颈疾病检测的非侵入性,高分辨率成像技术。然而,OCT图像注释是知识密集型和耗时的,这阻碍了基于深度学习的分类模型的培训过程。目的:本研究旨在基于自我监督学习,开发一种计算机辅助诊断(CADX)方法来对体内宫颈OCT图像进行分类。方法:除了由卷积神经网络(CNN)提取的高电平语义特征外,建议的CADX方法利用了通过对比纹理学习来利用未标记的宫颈OCT图像的纹理特征。我们在中国733名患者的多中心临床研究中对OCT图像数据集进行了十倍的交叉验证。结果:在用于检测高风险疾病的二元分类任务中,包括高级鳞状上皮病变和宫颈癌,我们的方法实现了0.9798加号或减去0.0157的面积曲线值,灵敏度为91.17加或对于OCT图像贴片,减去4.99%,特异性为93.96加仑或减去4.72%;此外,它在测试集上的四位医学专家中表现出两种。此外,我们的方法在使用交叉形阈值投票策略的118名中国患者中达到了91.53%的敏感性和97.37%的特异性。结论:所提出的基于对比 - 学习的CADX方法表现优于端到端的CNN模型,并基于纹理特征提供更好的可解释性,其在“见和治疗”的临床协议中具有很大的潜力。
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自我监督的预训练似乎是在转移学习预培训的有利替代方案。通过在借口任务上综合注释,自我划分允许在对目标任务进行细微调整之前对大量伪标签进行预训练模型。在这项工作中,我们评估了诊断皮肤病变的自学意识,将三个自我监管的管道与具有挑战性的监督基线进行了比较,该管道包括五个测试数据集,其中包括分布式和分布样品的五个测试数据集。我们的结果表明,自学在改善准确性和降低结果的可变性方面都具有竞争力。自我划分证明,对于低训练数据方案($ <1 \,500 $和$ <150 $样本)而言,它特别有用,在该方案中,其稳定结果的能力对于提供合理的结果至关重要。
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监督的深度学习模型取决于大量标记的数据。不幸的是,收集和注释包含所需更改的零花态样本是耗时和劳动密集型的。从预训练模型中转移学习可有效减轻遥感(RS)变化检测(CD)中标签不足。我们探索在预训练期间使用语义信息的使用。不同于传统的监督预训练,该预训练从图像到标签,我们将语义监督纳入了自我监督的学习(SSL)框架中。通常,多个感兴趣的对象(例如,建筑物)以未经切割的RS图像分布在各个位置。我们没有通过全局池操纵图像级表示,而是在每个像素嵌入式上引入点级监督以学习空间敏感的特征,从而使下游密集的CD受益。为了实现这一目标,我们通过使用语义掩码在视图之间的重叠区域上通过类平衡的采样获得了多个点。我们学会了一个嵌入式空间,将背景和前景点分开,并将视图之间的空间对齐点齐聚在一起。我们的直觉是导致的语义歧视性表示与无关的变化不变(照明和无关紧要的土地覆盖)可能有助于改变识别。我们在RS社区中免费提供大规模的图像面罩,用于预训练。在三个CD数据集上进行的大量实验验证了我们方法的有效性。我们的表现明显优于Imagenet预训练,内域监督和几种SSL方法。经验结果表明我们的预训练提高了CD模型的概括和数据效率。值得注意的是,我们使用20%的培训数据获得了比基线(随机初始化)使用100%数据获得竞争结果。我们的代码可用。
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Whole slide images (WSI) are microscopy images of stained tissue slides routinely prepared for diagnosis and treatment selection in medical practice. WSI are very large (gigapixel size) and complex (made of up to millions of cells). The current state-of-the-art (SoTA) approach to classify WSI subdivides them into tiles, encodes them by pre-trained networks and applies Multiple Instance Learning (MIL) to train for specific downstream tasks. However, annotated datasets are often small, typically a few hundred to a few thousand WSI, which may cause overfitting and underperforming models. Conversely, the number of unannotated WSI is ever increasing, with datasets of tens of thousands (soon to be millions) of images available. While it has been previously proposed to use these unannotated data to identify suitable tile representations by self-supervised learning (SSL), downstream classification tasks still require full supervision because parts of the MIL architecture is not trained during tile level SSL pre-training. Here, we propose a strategy of slide level SSL to leverage the large number of WSI without annotations to infer powerful slide representations. Applying our method to The Cancer-Genome Atlas, one of the most widely used data resources in cancer research (16 TB image data), we are able to downsize the dataset to 23 MB without any loss in predictive power: we show that a linear classifier trained on top of these embeddings maintains or improves previous SoTA performances on various benchmark WSI classification tasks. Finally, we observe that training a classifier on these representations with tiny datasets (e.g. 50 slides) improved performances over SoTA by an average of +6.3 AUC points over all downstream tasks.
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对图像分类任务的对比学习成功的鼓励,我们为3D手姿势估计的结构化回归任务提出了一种新的自我监督方法。对比学习利用未标记的数据来通过损失制定来使用未标记的数据,以鼓励学习的特征表示在任何图像转换下都是不变的。对于3D手姿势估计,它也希望具有不变性地与诸如颜色抖动的外观变换。但是,该任务需要在仿射和转换之类的转换下的标准性。为了解决这个问题,我们提出了一种对比的对比目标,并在3D手姿势估计的背景下展示其有效性。我们通过实验研究了不变性和对比的对比目标的影响,并表明学习的等待特征导致3D手姿势估计的任务的更好表示。此外,我们显示具有足够深度的标准Evenet,在额外的未标记数据上培训,在弗雷手中获得高达14.5%的提高,因此在没有任何任务的专用架构的情况下实现最先进的性能。 https://ait.ethz.ch/projects/2021/peclr/使用代码和模型
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蒙面图像建模(MIM)在各种视觉任务上取得了令人鼓舞的结果。但是,学到的表示形式的有限可区分性表现出来,使一个更强大的视力学习者还有很多值得一试。为了实现这一目标,我们提出了对比度蒙面的自动编码器(CMAE),这是一种新的自我监督的预训练方法,用于学习更全面和有能力的视觉表示。通过详细统一的对比度学习(CL)和掩盖图像模型(MIM),CMAE利用了它们各自的优势,并以强大的实例可辨别性和局部的可感知来学习表示形式。具体而言,CMAE由两个分支组成,其中在线分支是不对称的编码器编码器,而目标分支是动量更新的编码器。在培训期间,在线编码器从蒙面图像的潜在表示中重建了原始图像,以学习整体特征。馈送完整图像的目标编码器通过其在线学习通过对比度学习增强了功能可区分性。为了使CL与MIM兼容,CMAE引入了两个新组件,即用于生成合理的正视图和特征解码器的像素移位,以补充对比度对的特征。多亏了这些新颖的设计,CMAE可以有效地提高了MIM对应物的表示质量和转移性能。 CMAE在图像分类,语义分割和对象检测的高度竞争基准上实现了最先进的性能。值得注意的是,CMAE-BASE在Imagenet上获得了$ 85.3 \%$ $ TOP-1的准确性和$ 52.5 \%$ MIOU的ADE20K,分别超过了$ 0.7 \%\%$ $和$ 1.8 \%$ $。代码将公开可用。
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使用超越欧几里德距离的神经网络,深入的Bregman分歧测量数据点的分歧,并且能够捕获分布的发散。在本文中,我们提出了深深的布利曼对视觉表现的对比学习的分歧,我们的目标是通过基于功能Bregman分歧培训额外的网络来提高自我监督学习中使用的对比损失。与完全基于单点之间的分歧的传统对比学学习方法相比,我们的框架可以捕获分布之间的发散,这提高了学习表示的质量。我们展示了传统的对比损失和我们提出的分歧损失优于基线的结合,并且最先前的自我监督和半监督学习的大多数方法在多个分类和对象检测任务和数据集中。此外,学习的陈述在转移到其他数据集和任务时概括了良好。源代码和我们的型号可用于补充,并将通过纸张释放。
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高质量注释的医学成像数据集的稀缺性是一个主要问题,它与医学成像分析领域的机器学习应用相撞并阻碍了其进步。自我监督学习是一种最近的培训范式,可以使学习强大的表示无需人类注释,这可以被视为有效的解决方案,以解决带注释的医学数据的稀缺性。本文回顾了自我监督学习方法的最新研究方向,用于图像数据,并将其专注于其在医学成像分析领域的应用。本文涵盖了从计算机视野领域的最新自我监督学习方法,因为它们适用于医学成像分析,并将其归类为预测性,生成性和对比性方法。此外,该文章涵盖了40个在医学成像分析中自学学习领域的最新研究论文,旨在阐明该领域的最新创新。最后,本文以该领域的未来研究指示结束。
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Edema is a common symptom of kidney disease, and quantitative measurement of edema is desired. This paper presents a method to estimate the degree of edema from facial images taken before and after dialysis of renal failure patients. As tasks to estimate the degree of edema, we perform pre- and post-dialysis classification and body weight prediction. We develop a multi-patient pre-training framework for acquiring knowledge of edema and transfer the pre-trained model to a model for each patient. For effective pre-training, we propose a novel contrastive representation learning, called weight-aware supervised momentum contrast (WeightSupMoCo). WeightSupMoCo aims to make feature representations of facial images closer in similarity of patient weight when the pre- and post-dialysis labels are the same. Experimental results show that our pre-training approach improves the accuracy of pre- and post-dialysis classification by 15.1% and reduces the mean absolute error of weight prediction by 0.243 kg compared with training from scratch. The proposed method accurately estimate the degree of edema from facial images; our edema estimation system could thus be beneficial to dialysis patients.
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从积极和未标记的(PU)数据中学习是一种设置,学习者只能访问正面和未标记的样本,而没有关于负面示例的信息。这种PU环境在各种任务中非常重要,例如医学诊断,社交网络分析,金融市场分析和知识基础完成,这些任务也往往本质上是不平衡的,即大多数示例实际上是负面的。但是,大多数现有的PU学习方法仅考虑人工平衡的数据集,目前尚不清楚它们在不平衡和长尾数据分布的现实情况下的表现如何。本文提议通过强大而有效的自我监督预处理来应对这一挑战。但是,培训传统的自我监督学习方法使用高度不平衡的PU分布需要更好的重新重新制定。在本文中,我们提出\ textit {Impulses},这是\ usewanced {im}平衡\下划线{p} osive \ unesive \ usepline {u} nlabeLed \ underline {l}的统一表示的学习框架{p}。 \下划线{s}削弱了debiase预训练。 Impulses使用大规模无监督学习的通用组合以及对比度损失和额外重新持续的PU损失的一般组合。我们在多个数据集上进行了不同的实验,以表明Impuls能够使先前最新的错误率减半,即使与先前给出的真实先验的方法相比。此外,即使在无关的数据集上进行了预处理,我们的方法也表现出对事先错误指定和卓越性能的鲁棒性。我们预计,这种稳健性和效率将使从业者更容易在其他感兴趣的PU数据集上获得出色的结果。源代码可在\ url {https://github.com/jschweisthal/impulses}中获得
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由于其最近在减少监督学习的差距方面取得了成功,自我监督的学习方法正在增加计算机愿景的牵引力。在自然语言处理(NLP)中,自我监督的学习和变形金刚已经是选择的方法。最近的文献表明,变压器也在计算机愿景中越来越受欢迎。到目前为止,当使用大规模监督数据或某种共同监督时,视觉变压器已被证明可以很好地工作。在教师网络方面。这些监督的普试视觉变压器在下游任务中实现了非常好的变化,变化最小。在这项工作中,我们调查自我监督学习的预用图像/视觉变压器,然后使用它们进行下游分类任务的优点。我们提出了自我监督的视觉变压器(坐在)并讨论了几种自我监督的培训机制,以获得借口模型。静坐的架构灵活性允许我们将其用作自动统计器,并无缝地使用多个自我监控任务。我们表明,可以在小规模数据集上进行预训练,以便在小型数据集上进行下游分类任务,包括几千个图像而不是数百万的图像。使用公共协议对所提出的方法进行评估标准数据集。结果展示了变压器的强度及其对自我监督学习的适用性。我们通过大边缘表现出现有的自我监督学习方法。我们还观察到坐着很好,很少有镜头学习,并且还表明它通过简单地训练从坐的学到的学习功能的线性分类器来学习有用的表示。预先训练,FineTuning和评估代码将在以下:https://github.com/sara-ahmed/sit。
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最近,深度学习方法已成功地用于解决数字病理领域的众多挑战。但是,其中许多方法都是完全监督的,需要带注释的图像。对组织学的注释图像对于即使是高技能病理学家来说也是一个耗时且乏味的过程,因此,大多数组织学数据集缺乏利益区域的注释,并且标记弱。在本文中,我们介绍了Historoperm,这是一种旨在提高弱监督环境中组织学图像的表示技术的性能的视图生成方法。在组织培训中,我们列出了从整体组织学图像产生的斑块的增强视图,以提高分类精度。这些排列的视图属于相同的原始幻灯片级别,但是由不同的贴片实例产生的。我们在两个公共组织学数据集和肾细胞癌的两个公共组织学数据集上测试了BYOL和SIMCLR添加组织培训。对于两个数据集,我们发现与标准BYOL和SIMCLR方法相比,在准确性,F1得分和AUC方面的性能都得到了改善。特别是,在线性评估构型中,HistoPerm将BYOL的腹腔疾病数据集的分类精度提高了8%,SIMCLR的分类精度增加了3%。同样,在组织培训的情况下,BYOL的分类精度增加了2%,而SIMCLR在肾细胞癌数据集上的精度增加了0.25%。可以在共同表示学习框架中采用拟议的基于置换的视图生成方法,以捕获弱监督的设置中的组织病理学特征,并可能导致整个斜面分类结果接近甚至比完全监督的方法接近甚至更好。
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自我监督的学习(SSL)通过大量未标记的数据的先知,在各种医学成像任务上取得了出色的性能。但是,对于特定的下游任务,仍然缺乏有关如何选择合适的借口任务和实现细节的指令书。在这项工作中,我们首先回顾了医学成像分析领域中自我监督方法的最新应用。然后,我们进行了广泛的实验,以探索SSL中的四个重要问题用于医学成像,包括(1)自我监督预处理对不平衡数据集的影响,(2)网络体系结构,(3)上游任务对下游任务和下游任务和下游任务的适用性(4)SSL和常用政策用于深度学习的堆叠效果,包括数据重新采样和增强。根据实验结果,提出了潜在的指南,以在医学成像中进行自我监督预处理。最后,我们讨论未来的研究方向并提出问题,以了解新的SSL方法和范式时要注意。
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This paper presents SimCLR: a simple framework for contrastive learning of visual representations. We simplify recently proposed contrastive selfsupervised learning algorithms without requiring specialized architectures or a memory bank. In order to understand what enables the contrastive prediction tasks to learn useful representations, we systematically study the major components of our framework. We show that (1) composition of data augmentations plays a critical role in defining effective predictive tasks, (2) introducing a learnable nonlinear transformation between the representation and the contrastive loss substantially improves the quality of the learned representations, and (3) contrastive learning benefits from larger batch sizes and more training steps compared to supervised learning. By combining these findings, we are able to considerably outperform previous methods for self-supervised and semi-supervised learning on ImageNet. A linear classifier trained on self-supervised representations learned by Sim-CLR achieves 76.5% top-1 accuracy, which is a 7% relative improvement over previous state-ofthe-art, matching the performance of a supervised ResNet-50. When fine-tuned on only 1% of the labels, we achieve 85.8% top-5 accuracy, outperforming AlexNet with 100× fewer labels. 1
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