长期椎骨骨折严重影响了患者的生活质量,导致脑诊断,腰椎畸形甚至瘫痪。计算机断层扫描(CT)是在早期筛查该疾病的常见临床检查。但是,微弱的放射学表现和非特异性症状导致遗体诊断的高风险。特别是,对于深度学习模型和缺乏经验的医生而言,轻度骨折和正常对照很难区分。在本文中,我们认为增强微弱的断裂特征以鼓励阶层间的可分离性是提高准确性的关键。在此激励的情况下,我们提出了一个基于对比度学习的监督模型,以通过CT扫描估算Genent的椎骨骨折等级。作为一项辅助任务,受监督的对比学习在将其他人推开的同时缩小了同一类中特征的距离,从而增强了模型捕获椎骨骨折的微妙特征的能力。考虑到该领域缺乏数据集,我们构建了一个数据库,其中包括经验丰富的放射科医生注释的208个样本。我们的方法的特异性为99 \%,在二元分类中的敏感性为85%,在多分类中的Macio-F1为77 \%,表明对比度学习显着提高了椎骨骨折筛选的准确性,尤其是在轻度断裂和正常对照。我们的脱敏数据和代码将公开为社区提供。
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This paper presents our solution for the 2nd COVID-19 Severity Detection Competition. This task aims to distinguish the Mild, Moderate, Severe, and Critical grades in COVID-19 chest CT images. In our approach, we devise a novel infection-aware 3D Contrastive Mixup Classification network for severity grading. Specifcally, we train two segmentation networks to first extract the lung region and then the inner lesion region. The lesion segmentation mask serves as complementary information for the original CT slices. To relieve the issue of imbalanced data distribution, we further improve the advanced Contrastive Mixup Classification network by weighted cross-entropy loss. On the COVID-19 severity detection leaderboard, our approach won the first place with a Macro F1 Score of 51.76%. It significantly outperforms the baseline method by over 11.46%.
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背景:宫颈癌严重影响了女性生殖系统的健康。光学相干断层扫描(OCT)作为宫颈疾病检测的非侵入性,高分辨率成像技术。然而,OCT图像注释是知识密集型和耗时的,这阻碍了基于深度学习的分类模型的培训过程。目的:本研究旨在基于自我监督学习,开发一种计算机辅助诊断(CADX)方法来对体内宫颈OCT图像进行分类。方法:除了由卷积神经网络(CNN)提取的高电平语义特征外,建议的CADX方法利用了通过对比纹理学习来利用未标记的宫颈OCT图像的纹理特征。我们在中国733名患者的多中心临床研究中对OCT图像数据集进行了十倍的交叉验证。结果:在用于检测高风险疾病的二元分类任务中,包括高级鳞状上皮病变和宫颈癌,我们的方法实现了0.9798加号或减去0.0157的面积曲线值,灵敏度为91.17加或对于OCT图像贴片,减去4.99%,特异性为93.96加仑或减去4.72%;此外,它在测试集上的四位医学专家中表现出两种。此外,我们的方法在使用交叉形阈值投票策略的118名中国患者中达到了91.53%的敏感性和97.37%的特异性。结论:所提出的基于对比 - 学习的CADX方法表现优于端到端的CNN模型,并基于纹理特征提供更好的可解释性,其在“见和治疗”的临床协议中具有很大的潜力。
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最近关于Covid-19的研究表明,CT成像提供了评估疾病进展和协助诊断的有用信息,以及帮助理解疾病。有越来越多的研究,建议使用深度学习来使用胸部CT扫描提供快速准确地定量Covid-19。兴趣的主要任务是胸部CT扫描的肺和肺病变的自动分割,确认或疑似Covid-19患者。在这项研究中,我们使用多中心数据集比较12个深度学习算法,包括开源和内部开发的算法。结果表明,合并不同的方法可以提高肺部分割,二元病变分割和多种子病变分割的总体测试集性能,从而分别为0.982,0.724和0.469的平均骰子分别。将得到的二元病变分段为91.3ml的平均绝对体积误差。通常,区分不同病变类型的任务更加困难,分别具有152mL的平均绝对体积差,分别为整合和磨碎玻璃不透明度为0.369和0.523的平均骰子分数。所有方法都以平均体积误差进行二元病变分割,该分段优于人类评估者的视觉评估,表明这些方法足以用于临床实践中使用的大规模评估。
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为医学图像评估构建准确和强大的人工智能系统,不仅需要高级深度学习模型的研究和设计,还需要创建大型和策划的注释训练示例。然而,构造这种数据集通常非常昂贵 - 由于注释任务的复杂性和解释医学图像所需的高度专业知识(例如,专家放射科医师)。为了对此限制来说,我们提出了一种基于对比学习和在线特征聚类的丰富图像特征自我监督学习方法。为此目的,我们利用各种方式的大超过100,000,000个医学图像的大型训练数据集,包括放射线照相,计算机断层扫描(CT),磁共振(MR)成像和超声检查。我们建议使用这些功能来指导在各种下游任务的监督和混合自我监督/监督制度的模型培训。我们突出了这种策略对射线照相,CT和MR:1的挑战性图像评估问题的许多优点,与最先进的(例如,检测3-7%的AUC升压为3-7%胸部射线照相扫描的异常和脑CT的出血检测); 2)与使用无预先训练(例如,83%,在培训MR扫描MR扫描中的脑转移的模型时,在训练期间训练期间的模型收敛在训练期间的培训期高达85%。 3)对各种图像增强的鲁棒性增加,例如在场中看到的数据变化的强度变化,旋转或缩放反射。
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具有病理注释的计算机断层扫描(CT)样品很难获得。结果,计算机辅助诊断(CAD)算法在小型数据集(例如带有1,018个样本的LIDC-IDRI)上进行了培训,从而限制了其准确性和可靠性。在过去的五年中,通过二维(2D)和三维(3D)自我监督学习(SSL)算法为CT病变的无监督表示量身定制了几项作品。 2D算法很难捕获3D信息,并且现有的3D算法在计算上很重。轻巧的3D SSL仍然是要探索的边界。在本文中,我们提出了螺旋形对比度学习(SCL),该学习以计算有效的方式产生3D表示。 SCL首先使用信息保护螺旋变换将3D病变转换为2D平面,然后使用2D对比度学习学习转换不变的特征。为了进行增强,我们考虑自然图像增强和医疗图像增强。我们通过在嵌入层上训练分类头来评估SCL。实验结果表明,对于无监督的代表性学习,SCL在LIDC-IDRI(89.72%),LNDB(82.09%)和天奇(90.16%)上实现了最先进的准确性。使用10%的带计算的注释数据,SCL的性能与监督学习算法的性能相当(Lidc-Idri的85.75%比85.03%,78.20%vs. 73.44%的LNDB和87.85%vs. 83.34%vs. 83.34%and。天奇,分别)。同时,与其他3D SSL算法相比,SCL将计算工作减少了66.98%,这证明了该方法在无监督的预训练中的效率。
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计算机辅助X射线肺炎病变识别对于准确诊断肺炎很重要。随着深度学习的出现,肺炎的识别准确性得到了极大的改善,但是由于胸部X射线的模糊外观,仍然存在一些挑战。在本文中,我们提出了一个深度学习框架,称为基于注意力的对比度学习,用于治疗X射线肺炎病变识别(表示为深肺炎)。我们采用自我监督的对比学习策略来预先培训模型,而无需使用额外的肺炎数据来完全挖掘有限的可用数据集。为了利用医生精心贴出的病变区域的位置信息,我们提出了面具引导的硬注意策略和特征学习,并具有对比度调节策略,这些策略分别应用于注意力图和提取功能,以指导模型以指导模型将更多注意力集中在病变区域,其中包含更多歧视性特征以改善识别性能。此外,我们采用班级平衡的损失,而不是传统的跨凝性作为分类的损失函数,以解决数据集中不同类别肺炎之间严重类失衡的问题。实验结果表明,我们提出的框架可以用作可靠的计算机辅助肺炎诊断系统,以帮助医生更好地诊断肺炎病例。
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B扫描超声模式中图像的精确和快速分类对于诊断眼部疾病至关重要。然而,在超声波中区分各种疾病仍然挑战经验丰富的眼科医生。因此,在这项工作中开发了一个新颖的对比度截面网络(CDNET),旨在应对超声图像中眼异常的细粒度图像分类(FGIC)挑战,包括眼内肿瘤(IOT),视网膜脱离(RD),后堆肥葡萄球菌(PSS)和玻璃体出血(VH)。 CDNET的三个基本组成部分分别是弱监督的病变定位模块(WSLL),对比度多Zoom(CMZ)策略和超级性对比度分解损失(HCD-LOSS)。这些组件促进了在输入和输出方面的细粒度识别的特征分离。所提出的CDNET在我们的ZJU Ocular Ultrasound数据集(Zjuuld)上进行了验证,该数据集由5213个样品组成。此外,在两个公共且广泛使用的胸部X射线FGIC基准上验证了CDNET的概括能力。定量和定性结果证明了我们提出的CDNET的功效,该CDNET在FGIC任务中实现了最新的性能。代码可在以下网址获得:https://github.com/zeroonegame/cdnet-for-ous-fgic。
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自我监督的学习(SSL)通过大量未标记的数据的先知,在各种医学成像任务上取得了出色的性能。但是,对于特定的下游任务,仍然缺乏有关如何选择合适的借口任务和实现细节的指令书。在这项工作中,我们首先回顾了医学成像分析领域中自我监督方法的最新应用。然后,我们进行了广泛的实验,以探索SSL中的四个重要问题用于医学成像,包括(1)自我监督预处理对不平衡数据集的影响,(2)网络体系结构,(3)上游任务对下游任务和下游任务和下游任务的适用性(4)SSL和常用政策用于深度学习的堆叠效果,包括数据重新采样和增强。根据实验结果,提出了潜在的指南,以在医学成像中进行自我监督预处理。最后,我们讨论未来的研究方向并提出问题,以了解新的SSL方法和范式时要注意。
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Covid-19-Pandemic继续在世界上迅速传播,并在全球人类健康和经济中造成巨大危机。它的早期检测和诊断对于控制进一步的扩散至关重要。已经提出了许多基于学习的深度方法,以帮助临床医生根据计算机断层扫描成像进行自动COVID-19诊断。但是,仍然存在挑战,包括现有数据集中的数据多样性,以及由于深度学习模型的准确性和敏感性不足而导致的检测不满意。为了增强数据多样性,我们设计了增量级别的增强技术,并将其应用于最大的开放式基准测试数据集Covidx CT-2A。同时,在本研究中提出了从对比度学习中得出的相似性正则化(SR),以使CNN能够学习更多参数有效的表示,从而提高了CNN的准确性和敏感性。七个常用CNN的结果表明,通过应用设计的增强和SR技术,可以稳定地提高CNN性能。特别是,具有SR的Densenet121在三个试验中的三类分类中达到99.44%的平均测试准确性,包括正常,非covid-19-19-19肺炎和Covid-19-19。 COVID-19肺炎类别的精确度,敏感性和特异性分别为98.40%,99.59%和99.50%。这些统计数据表明,我们的方法已经超过了COVIDX CT-2A数据集上现有的最新方法。
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机器学习和计算机视觉技术近年来由于其自动化,适合性和产生惊人结果的能力而迅速发展。因此,在本文中,我们调查了2014年至2022年之间发表的关键研究,展示了不同的机器学习算法研究人员用来分割肝脏,肝肿瘤和肝脉管结构的研究。我们根据感兴趣的组织(肝果,肝肿瘤或肝毒剂)对被调查的研究进行了划分,强调了同时解决多个任务的研究。此外,机器学习算法被归类为受监督或无监督的,如果属于某个方案的工作量很大,则将进一步分区。此外,对文献和包含上述组织面具的网站发现的不同数据集和挑战进行了彻底讨论,强调了组织者的原始贡献和其他研究人员的贡献。同样,在我们的评论中提到了文献中过度使用的指标,这强调了它们与手头的任务的相关性。最后,强调创新研究人员应对需要解决的差距的关键挑战和未来的方向,例如许多关于船舶分割挑战的研究的稀缺性以及为什么需要早日处理他们的缺席。
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人们普遍认为,污渍差异引起的颜色变化是组织病理学图像分析的关键问题。现有方法采用颜色匹配,染色分离,污渍转移或它们的组合以减轻污渍变化问题。在本文中,我们提出了一种用于组织病理学图像分析的新型染色自适应自我监督学习(SASSL)方法。我们的SASSL将一个域 - 交流训练模块集成到SSL框架中,以学习独特的特征,这些功能对各种转换和污渍变化都具有鲁棒性。所提出的SASSL被视为域不变特征提取的一般方法,可以通过对特定下游任务的特征进行细微调整特征来灵活地与任意下游组织病理学图像分析模块(例如核/组织分割)结合。我们进行了有关公开可用的病理图像分析数据集的实验,包括熊猫,乳腺癌和camelyon16数据集,以实现最先进的性能。实验结果表明,所提出的方法可以鲁棒地提高模型的特征提取能力,并在下游任务中实现稳定的性能改善。
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高质量注释的医学成像数据集的稀缺性是一个主要问题,它与医学成像分析领域的机器学习应用相撞并阻碍了其进步。自我监督学习是一种最近的培训范式,可以使学习强大的表示无需人类注释,这可以被视为有效的解决方案,以解决带注释的医学数据的稀缺性。本文回顾了自我监督学习方法的最新研究方向,用于图像数据,并将其专注于其在医学成像分析领域的应用。本文涵盖了从计算机视野领域的最新自我监督学习方法,因为它们适用于医学成像分析,并将其归类为预测性,生成性和对比性方法。此外,该文章涵盖了40个在医学成像分析中自学学习领域的最新研究论文,旨在阐明该领域的最新创新。最后,本文以该领域的未来研究指示结束。
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近年来,几项作品采用了卷积神经网络(CNN)来诊断基于X射线图像或磁共振成像(MRI)的股骨头(AVNFH)的无血管坏死。但是,由于组织重叠,X射线图像很难为早期诊断提供细粒度。另一方面,MRI的成像时间很长,更昂贵,使其在大规模筛查中不切实际。计算机断层扫描(CT)显示了层的组织,图像速度更快,并且比MRI成本较小。但是,据我们所知,对于基于CT的AVNFH诊断没有工作。在这项工作中,我们收集并标记为AVNFH排名的大型数据集。此外,现有的端到端CNN仅产生分类结果,并且很难为诊断医生提供更多信息。为了解决这个问题,我们提出了结构正规化的专注网络(Sranet),该网络能够根据贴剂注意力在分类过程中突出坏死区域。 Sranet提取物在图像块中的特征,通过注意机制获得重量以汇总特征,并通过具有先验知识的结构正常化程序来限制它们以改善概括。 Sranet在我们的AVNFH-CT数据集上进行了评估。实验结果表明,Sranet优于CNN,用于AVNFH分类,此外,它可以定位病变并提供更多信息以帮助医生进行诊断。我们的代码在https://github.com/tomas-lilingfeng/sranet上公开。
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视觉变形金刚(VIT)S表现出可观的全球和本地陈述的自我监督学习表现,可以转移到下游应用程序。灵感来自这些结果,我们介绍了一种新的自我监督学习框架,具有用于医学图像分析的定制代理任务。具体而言,我们提出:(i)以新的3D变压器为基础的型号,被称为往返变压器(Swin Unet),具有分层编码器,用于自我监督的预训练; (ii)用于学习人类解剖学潜在模式的定制代理任务。我们展示了来自各种身体器官的5,050个公共可用的计算机断层扫描(CT)图像的提出模型的成功预培训。通过微调超出颅穹窿(BTCV)分割挑战的预先调整训练模型和来自医疗细分牌组(MSD)数据集的分割任务,通过微调训练有素的模型来验证我们的方法的有效性。我们的模型目前是MSD和BTCV数据集的公共测试排行榜上的最先进的(即第1号)。代码:https://monai.io/research/swin-unetr.
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Well-annotated medical datasets enable deep neural networks (DNNs) to gain strong power in extracting lesion-related features. Building such large and well-designed medical datasets is costly due to the need for high-level expertise. Model pre-training based on ImageNet is a common practice to gain better generalization when the data amount is limited. However, it suffers from the domain gap between natural and medical images. In this work, we pre-train DNNs on ultrasound (US) domains instead of ImageNet to reduce the domain gap in medical US applications. To learn US image representations based on unlabeled US videos, we propose a novel meta-learning-based contrastive learning method, namely Meta Ultrasound Contrastive Learning (Meta-USCL). To tackle the key challenge of obtaining semantically consistent sample pairs for contrastive learning, we present a positive pair generation module along with an automatic sample weighting module based on meta-learning. Experimental results on multiple computer-aided diagnosis (CAD) problems, including pneumonia detection, breast cancer classification, and breast tumor segmentation, show that the proposed self-supervised method reaches state-of-the-art (SOTA). The codes are available at https://github.com/Schuture/Meta-USCL.
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尽管在计算机视觉中的深度学习成功,但识别微妙和小物体(或地区)的算法仍然具有挑战性。例如,识别棒球或在地面场景中的飞盘或X射线图像中的骨折可以容易地导致过度装备,除非有大量的训练数据。为缓解此问题,我们需要一种方法来强制模型应该在有限的培训数据中识别微妙地区。在本文中,我们提出了一种称为Cut \&Rest的简单但有效的监督增强方法。它在各种医学图像域(内部资源和公共数据集)和自然图像域(MS-Coco $ _S $)中取得了更好的性能,而不是其他监督的增强和明确的指导方法。此外,使用类激活图,我们确定了剪切\和保持方法驱动模型,以有效地专注于相关的微妙和小区域。我们还表明,沿着切割\和保持比单调增加的性能,表明即使仅应用了有限量的切割量,也可以提高模型,从而允许改进的低监督(注释)成本。
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眼科图像和衍生物,例如视网膜神经纤维层(RNFL)厚度图对于检测和监测眼科疾病至关重要(例如,青光眼)。对于计算机辅助诊断眼疾病,关键技术是自动从眼科图像中提取有意义的特征,这些特征可以揭示与功能视觉丧失相关的生物标志物(例如RNFL变薄模式)。然而,将结构性视网膜损伤与人类视力丧失联系起来的眼科图像的表示,主要是由于患者之间的解剖学变化很大。在存在图像伪像的情况下,这项任务变得更加具有挑战性,由于图像采集和自动细分,这很常见。在本文中,我们提出了一个耐伪造的无监督的学习框架,该框架称为眼科图像的学习表示。 Eyelearn具有一个伪影校正模块,可以学习可以最好地预测无伪影眼镜图像的表示形式。此外,Eyelearn采用聚类引导的对比度学习策略,以明确捕获内部和间形的亲和力。在训练过程中,图像在簇中动态组织,以形成对比样品,其中鼓励在相同或不同的簇中分别学习相似或不同的表示形式。为了评估包冰者,我们使用青光眼患者的现实世界眼科摄影图数据集使用学习的表示形式进行视野预测和青光眼检测。广泛的实验和与最先进方法的比较验证了眼球从眼科图像中学习最佳特征表示的有效性。
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已经证明对比学习是有效的,可以减轻医学图像分析中昂贵注释的高需求,这可以捕获图像中的一般图案,并且自然用作各种任务的初始特征提取器。最近的作品主要基于案例明智的歧视,并学习全球歧视特征;然而,他们不能帮助临床医生处理主要由局部相似性分类的微小解剖结构,病变和组织。在这项工作中,我们提出了一般无人监督的框架,以了解来自医学图像的局部歧视特征,以进行模型的初始化。在此事实之后,相同体区域的图像应该共享类似的解剖结构,并且相同结构的像素应该具有类似的语义模式,我们设计神经网络以构建具有相似上下文的像素的局部判别嵌入空间是聚类和异种像素的分散。该网络主要包含两个分支:嵌入分支以生成像素 - WISE Embeddings,以及聚类分支以将相同结构的像素聚集在一起并生成分段。提出了一种区域辨别损失以在互利模式中优化这两个分支,使得通过聚类分支集群聚集在一起的像素共享类似的嵌入式矢量,并且训练模型可以测量像素方面的相似性。当转移到下游任务时,基于我们框架的学习特征提取器显示出更好的泛化能力,这优于来自广泛的最先进的方法,并在彩色眼底和胸部X光中的所有12个下游任务中获胜11。此外,我们利用像素 - 方面的嵌入来测量区域相似度,并提出一种形状引导的跨模块分割框架和中心敏感的单次地标定位算法。
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2019年12月,一个名为Covid-19的新型病毒导致了迄今为止的巨大因果关系。与新的冠状病毒的战斗在西班牙语流感后令人振奋和恐怖。虽然前线医生和医学研究人员在控制高度典型病毒的传播方面取得了重大进展,但技术也证明了在战斗中的重要性。此外,许多医疗应用中已采用人工智能,以诊断许多疾病,甚至陷入困境的经验丰富的医生。因此,本调查纸探讨了提议的方法,可以提前援助医生和研究人员,廉价的疾病诊断方法。大多数发展中国家难以使用传统方式进行测试,但机器和深度学习可以采用显着的方式。另一方面,对不同类型的医学图像的访问已经激励了研究人员。结果,提出了一种庞大的技术数量。本文首先详细调了人工智能域中传统方法的背景知识。在此之后,我们会收集常用的数据集及其用例日期。此外,我们还显示了采用深入学习的机器学习的研究人员的百分比。因此,我们对这种情况进行了彻底的分析。最后,在研究挑战中,我们详细阐述了Covid-19研究中面临的问题,我们解决了我们的理解,以建立一个明亮健康的环境。
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